CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins.
CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gky425
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pourcel C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Couvin D;Bernheim A;Toffano-Nioche C;Touchon M;Michalik J;Néron B;Rocha EPC;Vergnaud G;Gautheret D;Pourcel C
CRISPR（成簇规则间隔短回文重复序列）阵列及其相关（Cas）蛋白赋予细菌和古细菌针对外源性移动的遗传元件（例如质粒或质粒）的适应性免疫。CRISPRCascade允许鉴定CRISPR阵列和Cas蛋白。该方案包括：（i）改进的CRISPR阵列检测工具，其促进基于评级系统的专家验证，（ii）CRISPR方向的预测，以及（iii）更新的Cas蛋白检测和分型工具，以匹配这些系统的最新分类方案。CRISPRCascycle既可以在线使用，也可以作为与Linux操作系统兼容的独立工具使用。该程序使用的所有第三方软件包都是免费提供的。CRISPRCascade可在https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr上获得。
CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) arrays and their associated (Cas) proteins confer bacteria and archaea adaptive immunity against exogenous mobile genetic elements, such as phages or plasmids. CRISPRCasFinder allows the identification of both CRISPR arrays and Cas proteins. The program includes: (i) an improved CRISPR array detection tool facilitating expert validation based on a rating system, (ii) prediction of CRISPR orientation and (iii) a Cas protein detection and typing tool updated to match the latest classification scheme of these systems. CRISPRCasFinder can either be used online or as a standalone tool compatible with Linux operating system. All third-party software packages employed by the program are freely available. CRISPRCasFinder is available at https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr.
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影响因子：
14.9
作者：
Grissa, Ibtissem;Vergnaud, Gilles;Pourcel, Christine
通讯作者：
Pourcel, Christine
影响因子：
3
作者：
Edgar RC
通讯作者：
Edgar RC
影响因子：
2.8
作者：
Pourcel, C;Salvignol, G;Vergnaud, G
通讯作者：
Vergnaud, G
HMMCAS：用于 Cas 蛋白识别和域注释的网络工具
DOI：
10.1109/tcbb.2017.2665542
发表时间：
2019-07-01
影响因子：
4.5
作者：
Chai, Guoshi;Yu, Min;Huang, Jian
通讯作者：
Huang, Jian
DOI：
10.1073/pnas.112047299
发表时间：
2002-05-28
影响因子：
11.1
作者：
Tang, TH;Bachellerie, JP;Hüttenhofer, A
通讯作者：
Hüttenhofer, A