Cryo-electron microscopy modeling by the molecular dynamics flexible fitting method.
Cryo-electron microscopy modeling by the molecular dynamics flexible fitting method.
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DOI：
10.1002/bip.22042
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发表时间：
2012-09
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Schulten, Klaus
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chan, Kwok-Yan;Trabuco, Leonardo G.;Schreiner, Eduard;Schulten, Klaus
关键词：
在结构生物学中，冷冻电子（cryo-EM）显微镜的日益强大和普及带来了所谓的混合方法的发展，该方法允许在原子模型方面解释超出其标称分辨率的冷冻EM密度图。2010年冷冻EM建模挑战赛是第一次将混合方法的开发人员以及冷冻EM实验人员聚集在一起的社区努力。参与的挑战，分子动力学柔性拟合（MDFF）方法被应用到一些冷冻EM密度图。这里描述的结果，特别强调使用基于约束的对称复合物的密度图，以提高原子模型的质量;在不同的混合方法产生的原子模型的立体化学质量的比较;和应用程序的MDFF电子晶体学数据。
The increasing power and popularity of cryo-electron (cryo-EM) microscopy in structural biology brought about the development of so-called hybrid methods, which permit the interpretation of cryo-EM density maps beyond their nominal resolution in terms of atomic models. The Cryo-EM Modeling Challenge 2010 is the first community effort to bring together developers of hybrid methods as well as cryo-EM experimentalists. Participating in the challenge, the molecular dynamics flexible fitting (MDFF) method was applied to a number of cryo-EM density maps. The results are described here with special emphasis on the use of symmetry-based restraints to improve the quality of atomic models derived from density maps of symmetric complexes; on a comparison of the stereochemical quality of atomic models resulting from different hybrid methods; and on application of MDFF to electron crystallography data.
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对称性EM图的对称弹性柔性拟合。
影响因子：
5.7
作者：
Chan, Kwok-Yan;Gumbart, James;McGreevy, Ryan;Watermeyer, Jean M.;Sewell, B. Trevor;Schulten, Klaus
通讯作者：
Schulten, Klaus
影响因子：
3.4
作者：
Jolley, Craig C.;Wells, Stephen A.;Thorpe, M. F.
通讯作者：
Thorpe, M. F.
影响因子：
6.1
作者：
Frank, Joachim
通讯作者：
Frank, Joachim
DOI：
10.1126/science.1178535
发表时间：
2009-12-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Becker T;Bhushan S;Jarasch A;Armache JP;Funes S;Jossinet F;Gumbart J;Mielke T;Berninghausen O;Schulten K;Westhof E;Gilmore R;Mandon EC;Beckmann R
通讯作者：
Beckmann R
影响因子：
5.9
作者：
Hryc, Corey F.;Chen, Dong-Hua;Chiu, Wah
通讯作者：
Chiu, Wah