IMG/PR: a database of plasmids from genomes and metagenomes with rich annotations and metadata.
IMG/PR: a database of plasmids from genomes and metagenomes with rich annotations and metadata.
复制标题
IMG/PR：来自基因组和宏基因组的质粒数据库，具有丰富的注释和元数据。
DOI：
10.1093/nar/gkad964
复制
发表时间：
2023
影响因子：
14.9
通讯作者：
Camargo AP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Camargo AP
质体是在细菌和细菌的许多分支中发现的移动的遗传元件。它们驱动水平基因转移，影响微生物群落内的生态和进化过程，并在人类健康和生物技术方面具有重要意义。为了支持质粒研究并为科学家提供前所未有的质粒序列多样性数据，我们引入了IMG/PR数据库，这是一个包含来自基因组，宏基因组和元转录组的699 973个质粒序列的新资源。IMG/PR是第一个提供从不同微生物组样本中系统鉴定的质粒数据的数据库。IMG/PR质粒与丰富的元数据相关，包括地理和生态系统信息、宿主分类、与其他质粒的相似性、功能注释、参与接合的基因的存在和抗生素抗性。该数据库提供了多种方法来探索其广泛的质粒集合，使用户能够通过元数据为中心的查询，质粒比较和BLAST搜索导航质粒。IMG/PR的网络界面可在https://img.jgi.doe.gov/pr访问。质粒元数据和序列可从https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_PR下载。
Plasmids are mobile genetic elements found in many clades of Archaea and Bacteria. They drive horizontal gene transfer, impacting ecological and evolutionary processes within microbial communities, and hold substantial importance in human health and biotechnology. To support plasmid research and provide scientists with data of an unprecedented diversity of plasmid sequences, we introduce the IMG/PR database, a new resource encompassing 699 973 plasmid sequences derived from genomes, metagenomes and metatranscriptomes. IMG/PR is the first database to provide data of plasmid that were systematically identified from diverse microbiome samples. IMG/PR plasmids are associated with rich metadata that includes geographical and ecosystem information, host taxonomy, similarity to other plasmids, functional annotation, presence of genes involved in conjugation and antibiotic resistance. The database offers diverse methods for exploring its extensive plasmid collection, enabling users to navigate plasmids through metadata-centric queries, plasmid comparisons and BLAST searches. The web interface for IMG/PR is accessible at https://img.jgi.doe.gov/pr. Plasmid metadata and sequences can be downloaded from https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_PR.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Galata V;Fehlmann T;Backes C;Keller A
通讯作者：
Keller A
影响因子：
64.5
作者：
Carter, Matthew M.;Olm, Matthew R.;Sonnenburg, Justin L.
通讯作者：
Sonnenburg, Justin L.
影响因子：
14.9
作者：
Camargo, Antonio Pedro;Nayfach, Stephen;Roux, Simon
通讯作者：
Roux, Simon
影响因子：
64.8
作者：
Schulz, Frederik;Roux, Simon;Woyke, Tanja
通讯作者：
Woyke, Tanja
影响因子：
46.9
作者：
Nayfach S;Roux S;Seshadri R;Udwary D;Varghese N;Schulz F;Wu D;Paez-Espino D;Chen IM;Huntemann M;Palaniappan K;Ladau J;Mukherjee S;Reddy TBK;Nielsen T;Kirton E;Faria JP;Edirisinghe JN;Henry CS;Jungbluth SP;Chivian D;Dehal P;Wood-Charlson EM;Arkin AP;Tringe SG;Visel A;IMG/M Data Consortium;Woyke T;Mouncey NJ;Ivanova NN;Kyrpides NC;Eloe-Fadrosh EA
通讯作者：
Eloe-Fadrosh EA