A genomic catalog of Earth's microbiomes.
A genomic catalog of Earth's microbiomes.
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DOI：
10.1038/s41587-020-0718-6
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发表时间：
2021-04
影响因子：
46.9
通讯作者：
Eloe-Fadrosh EA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nayfach S;Roux S;Seshadri R;Udwary D;Varghese N;Schulz F;Wu D;Paez-Espino D;Chen IM;Huntemann M;Palaniappan K;Ladau J;Mukherjee S;Reddy TBK;Nielsen T;Kirton E;Faria JP;Edirisinghe JN;Henry CS;Jungbluth SP;Chivian D;Dehal P;Wood-Charlson EM;Arkin AP;Tringe SG;Visel A;IMG/M Data Consortium;Woyke T;Mouncey NJ;Ivanova NN;Kyrpides NC;Eloe-Fadrosh EA
从鸟枪宏基因组中重建细菌和古细菌基因组，使人们能够深入了解环境和宿主相关微生物组的生态学和进化。在这里，我们将这种方法应用于从覆盖地球所有大陆和海洋的不同栖息地收集的> 10，000个宏基因组，包括来自人类和动物宿主，工程环境以及自然和农业土壤的宏基因组，以捕获现存的微生物，代谢和功能潜力。这个全面的目录包括52，515个宏基因组组装的基因组，代表12，556个新的候选物种水平的操作分类单位，跨越135个门。该目录将已知的细菌和古菌的系统发育多样性扩展了44%，并广泛用于简化的比较分析，交互式探索，代谢建模和批量下载。我们证明了这个集合的效用，了解次级代谢物的生物合成潜力，并解决了数以千计的新的主机连接到未培养的病毒。该资源强调了以基因组为中心的方法在揭示影响生态系统过程的未培养微生物的基因组特性方面的价值。对来自地球环境的微生物基因组进行编目扩大了已知的细菌和古细菌的系统发育多样性。
The reconstruction of bacterial and archaeal genomes from shotgun metagenomes has enabled insights into the ecology and evolution of environmental and host-associated microbiomes. Here we applied this approach to >10,000 metagenomes collected from diverse habitats covering all of Earth’s continents and oceans, including metagenomes from human and animal hosts, engineered environments, and natural and agricultural soils, to capture extant microbial, metabolic and functional potential. This comprehensive catalog includes 52,515 metagenome-assembled genomes representing 12,556 novel candidate species-level operational taxonomic units spanning 135 phyla. The catalog expands the known phylogenetic diversity of bacteria and archaea by 44% and is broadly available for streamlined comparative analyses, interactive exploration, metabolic modeling and bulk download. We demonstrate the utility of this collection for understanding secondary-metabolite biosynthetic potential and for resolving thousands of new host linkages to uncultivated viruses. This resource underscores the value of genome-centric approaches for revealing genomic properties of uncultivated microorganisms that affect ecosystem processes. Cataloging microbial genomes from Earth’s environments expands the known phylogenetic diversity of bacteria and archaea.
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影响因子：
3
作者：
Edgar RC
通讯作者：
Edgar RC
影响因子：
14.9
作者：
Chen IA;Chu K;Palaniappan K;Pillay M;Ratner A;Huang J;Huntemann M;Varghese N;White JR;Seshadri R;Smirnova T;Kirton E;Jungbluth SP;Woyke T;Eloe-Fadrosh EA;Ivanova NN;Kyrpides NC
通讯作者：
Kyrpides NC
影响因子：
14.9
作者：
Kalvari I;Argasinska J;Quinones-Olvera N;Nawrocki EP;Rivas E;Eddy SR;Bateman A;Finn RD;Petrov AI
通讯作者：
Petrov AI
含甲基辅酶M还原酶的温泉古菌的生态作用和进化见解
影响因子：
16.6
作者：
Hua, Zheng-Shuang;Wang, Yu-Lin;Li, Wen-Jun
通讯作者：
Li, Wen-Jun
DOI：
10.1073/pnas.1402564111
发表时间：
2014-04-01
影响因子：
11.1
作者：
Howe, Adina Chuang;Jansson, Janet K.;Brown, C. Titus
通讯作者：
Brown, C. Titus