MediaDive: the expert-curated cultivation media database.
MediaDive: the expert-curated cultivation media database.
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DOI：
10.1093/nar/gkac803
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发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Reimer, Lorenz Christian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koblitz, Julia;Halama, Philipp;Spring, Stefan;Thiel, Vera;Baschien, Christiane;Hahnke, Richard L.;Pester, Michael;Overmann, Joerg;Reimer, Lorenz Christian
我们推出 MediaDive (https://mediadive.dsmz.de)，这是一个由专家策划的综合培养基数据库，其中包含超过 3200 种标准化培养基的配方、说明和分子组成，适用于来自各个生活领域的超过 40 000 种微生物菌株。 MediaDive 旨在实现广泛的应用，从研究和诊断实验室的日常使用到新媒体设计的知识驱动支持和人工智能驱动的数据挖掘。它提供了许多直观的搜索功能和比较工具，例如识别相关分类群的媒体并整合菌株特异性修饰。除了传统的 PDF 存档和打印之外，最先进的网站还允许在移动设备上无纸化地使用媒体配方，以方便湿实验室使用。此外，还可以使用 RESTful Web 服务检索数据以进行大规模数据分析。内部编辑器界面可确保 DSMZ 莱布尼茨研究所的培养专家对培养基的持续扩展和管理，该专家与 DSMZ 不断增长的微生物收藏相互关联。外部用户参与由专用媒体生成器工具负责。标准化和可编程访问的数据将促进针对绝大多数未培养微生物的培养基设计的新方法。
We present MediaDive (https://mediadive.dsmz.de), a comprehensive and expert-curated cultivation media database, which comprises recipes, instructions and molecular compositions of >3200 standardized cultivation media for >40 000 microbial strains from all domains of life. MediaDive is designed to enable broad range applications from every-day-use in research and diagnostic laboratories to knowledge-driven support of new media design and artificial intelligence-driven data mining. It offers a number of intuitive search functions and comparison tools, for example to identify media for related taxonomic groups and to integrate strain-specific modifications. Besides classical PDF archiving and printing, the state-of-the-art website allows paperless use of media recipes on mobile devices for convenient wet-lab use. In addition, data can be retrieved using a RESTful web service for large-scale data analyses. An internal editor interface ensures continuous extension and curation of media by cultivation experts from the Leibniz Institute DSMZ, which is interlinked with the growing microbial collections at DSMZ. External user engagement is covered by a dedicated media builder tool. The standardized and programmatically accessible data will foster new approaches for the design of cultivation media to target the vast majority of uncultured microorganisms.
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Furumichi M;Sato Y;Ishiguro-Watanabe M;Tanabe M
通讯作者：
Tanabe M
MediaDB：定义培养基中微生物生长条件的数据库。
影响因子：
3.7
作者：
Richards MA;Cassen V;Heavner BD;Ajami NE;Herrmann A;Simeonidis E;Price ND
通讯作者：
Price ND
影响因子：
9.4
作者：
Su M;Satola SW;Read TD
通讯作者：
Read TD
DOI：
10.1099/ijsem.0.004332
发表时间：
2020-11
影响因子：
2.8
作者：
Parte AC;Sardà Carbasse J;Meier-Kolthoff JP;Reimer LC;Göker M
通讯作者：
Göker M
影响因子：
5.6
作者：
Jacobs, Andrea;Williams, Dustin;Hickey, Katherine;Patrick, Nathan;Williams, Antony J.;Chalk, Stuart;McEwen, Leah;Willighagen, Egon;Walker, Martin;Bolton, Evan;Sinclair, Gabriel;Sanford, Adam
通讯作者：
Sanford, Adam