MediaDB: a database of microbial growth conditions in defined media.
MediaDB: a database of microbial growth conditions in defined media.
复制标题
MediaDB：定义培养基中微生物生长条件的数据库。
DOI：
10.1371/journal.pone.0103548
复制
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Price ND
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Richards MA;Cassen V;Heavner BD;Ajami NE;Herrmann A;Simeonidis E;Price ND
分离纯微生物培养物并将其培养在实验室的特定介质上，用于更全面地描述生物体的新陈代谢和生理学。然而，为一个新的分离物寻找合适的生长介质仍然是一个具有挑战性的任务。尽管我们有能力建立基因组规模的代谢网络，将基因组数据与代谢功能联系起来，但即使是具有测序和注释基因组的生物也很难生长。科学文献中散布着关于成功用于培养各种生物体的定义生长介质的信息，但到目前为止，还没有一个中央存储库，通过弥合基因组数据和生长介质的化合物成分之间的差距，为培养特征较少的生物体提供信息。在这里，我们介绍了MediaDB，这是一个人工管理的已定义介质的数据库，已用于培养具有测序基因组的生物体，重点是具有代谢网络模型的生物体。该数据库可以在线访问，可以通过关键字搜索查询或整体下载，并可以生成可导出的单独媒体配方文件。在MediaDB中收集的数据有助于生物生长介质的比较研究，作为制定新的生长介质的起点，并有助于制定代谢网络的电子研究介质。MediaDB可在https://mediadb.systemsbiology.net.上免费供公众使用
Isolating pure microbial cultures and cultivating them in the laboratory on defined media is used to more fully characterize the metabolism and physiology of organisms. However, identifying an appropriate growth medium for a novel isolate remains a challenging task. Even organisms with sequenced and annotated genomes can be difficult to grow, despite our ability to build genome-scale metabolic networks that connect genomic data with metabolic function. The scientific literature is scattered with information about defined growth media used successfully for cultivating a wide variety of organisms, but to date there exists no centralized repository to inform efforts to cultivate less characterized organisms by bridging the gap between genomic data and compound composition for growth media. Here we present MediaDB, a manually curated database of defined media that have been used for cultivating organisms with sequenced genomes, with an emphasis on organisms with metabolic network models. The database is accessible online, can be queried by keyword searches or downloaded in its entirety, and can generate exportable individual media formulation files. The data assembled in MediaDB facilitate comparative studies of organism growth media, serve as a starting point for formulating novel growth media, and contribute to formulating media for in silico investigation of metabolic networks. MediaDB is freely available for public use at https://mediadb.systemsbiology.net.
登录
查看更多内容
影响因子：
--
作者：
D'Onofrio A;Crawford JM;Stewart EJ;Witt K;Gavrish E;Epstein S;Clardy J;Lewis K
通讯作者：
Lewis K
DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Hastings J;de Matos P;Dekker A;Ennis M;Harsha B;Kale N;Muthukrishnan V;Owen G;Turner S;Williams M;Steinbeck C
通讯作者：
Steinbeck C
影响因子：
11
作者：
Carini, Paul;Steindler, Laura;Giovannoni, Stephen J.
通讯作者：
Giovannoni, Stephen J.
影响因子：
4.4
作者：
Davis, KER;Joseph, SJ;Janssen, PH
通讯作者：
Janssen, PH