A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome.
A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome.
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DOI：
10.1038/s41587-020-0603-3
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发表时间：
2021-01
影响因子：
46.9
通讯作者：
Finn RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Almeida A;Nayfach S;Boland M;Strozzi F;Beracochea M;Shi ZJ;Pollard KS;Sakharova E;Parks DH;Hugenholtz P;Segata N;Kyrpides NC;Finn RD
全面、高质量的参考基因组对于人类肠道微生物群的功能表征和分类学鉴定至关重要。我们发布了统一人类胃肠道基因组（UHGG）集合，其中包含来自4644种肠道原核生物的204,938个非冗余基因组。这些基因组编码超过1.7亿个蛋白质序列，我们将其整理到统一人类胃肠道蛋白质（UHGP）目录中。与综合基因目录中的肠道蛋白质数量相比，UHGP中的数量增加了一倍多。超过70%的UHGG物种缺乏培养的代表菌株，40%的UHGP缺乏功能注释。种内基因组变异分析揭示了大量的辅助基因和单核苷酸变异，其中许多变异是特定于个体人类群体的。UHGG和UHGP集合将有助于开展将基因型与人类肠道微生物组表型相关联的研究。
整理了20多万个肠道原核生物参考基因组及其编码的蛋白质，为微生物组研究人员提供了全面的资源。
Comprehensive, high-quality reference genomes are required for functional characterization and taxonomic assignment of the human gut microbiota. We present the Unified Human Gastrointestinal Genome (UHGG) collection, comprising 204,938 nonredundant genomes from 4,644 gut prokaryotes. These genomes encode >170 million protein sequences, which we collated in the Unified Human Gastrointestinal Protein (UHGP) catalog. The UHGP more than doubles the number of gut proteins in comparison to those present in the Integrated Gene Catalog. More than 70% of the UHGG species lack cultured representatives, and 40% of the UHGP lack functional annotations. Intraspecies genomic variation analyses revealed a large reservoir of accessory genes and single-nucleotide variants, many of which are specific to individual human populations. The UHGG and UHGP collections will enable studies linking genotypes to phenotypes in the human gut microbiome. More than 200,000 gut prokaryotic reference genomes and the proteins they encode are collated, providing comprehensive resources for microbiome researchers.
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影响因子：
10.7
作者：
Huerta-Cepas J;Forslund K;Coelho LP;Szklarczyk D;Jensen LJ;von Mering C;Bork P
通讯作者：
Bork P
影响因子：
14.9
作者：
Chen IA;Chu K;Palaniappan K;Pillay M;Ratner A;Huang J;Huntemann M;Varghese N;White JR;Seshadri R;Smirnova T;Kirton E;Jungbluth SP;Woyke T;Eloe-Fadrosh EA;Ivanova NN;Kyrpides NC
通讯作者：
Kyrpides NC
影响因子：
14.9
作者：
Kalvari I;Argasinska J;Quinones-Olvera N;Nawrocki EP;Rivas E;Eddy SR;Bateman A;Finn RD;Petrov AI
通讯作者：
Petrov AI
影响因子：
14.9
作者：
Huerta-Cepas, Jaime;Szklarczyk, Damian;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer
影响因子：
24.5
作者：
Hildebrand, Falk;Moitinho-Silva, Lucas;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer