Geographic variation in the eukaryotic virome of human diarrhea.
Geographic variation in the eukaryotic virome of human diarrhea.
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DOI：
10.1016/j.virol.2014.09.012
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发表时间：
2014-11
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang, David
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Holtz, Lori R.;Cao, Song;Zhao, Guoyan;Bauer, Irma K.;Denno, Donna M.;Klein, Eileen J.;Antonio, Martin;Stine, O. Cohn;Snelling, Thomas L.;Kirkwood, Carl D.;Wang, David
关于人类肠道中真核病毒的数量（“病毒组”）或其在疾病中可能发挥的潜在作用，人们知之甚少。我们使用宏基因组学方法来定义和比较来自两个地点（澳大利亚墨尔本和北领地）的儿科腹泻队列中的真核病毒组。我们检测到已知引起腹泻的病毒、非致病性肠道病毒、与肠道储库无关的病毒、植物病毒和新型病毒。每个样本中来自北领地儿童的病毒组比来自墨尔本的病毒组包含更多的病毒家族，这可能主要归因于腺病毒科和小核糖核酸病毒科（肠道病毒属）的序列数量增加。qRT-PCR/PCR证实腺病毒和肠道病毒的流行率增加。通过qRT-PCR/PCR对其他腹泻队列进行的检测表明，不同地理位置的患病率存在统计学差异。这些发现提出了一个问题，即病毒组是否在肠道疾病和地理条件不同的情况下发挥作用。在小儿腹泻中检测到22种不同的病毒家族。来自北领地的腹泻病毒家族多于来自墨尔本的腹泻病毒家族。 腺病毒科和小核糖核酸病毒科在北领地比在墨尔本更常见。qRT-PCR/PCR证实腺病毒和肠道病毒的流行率增加。腹泻患者的病毒组在两个不同的地理位置之间存在差异。
Little is known about the population of eukaryotic viruses in the human gut (“virome”) or the potential role it may play in disease. We used a metagenomic approach to define and compare the eukaryotic viromes in pediatric diarrhea cohorts from two locations (Melbourne and Northern Territory, Australia). We detected viruses known to cause diarrhea, non-pathogenic enteric viruses, viruses not associated with an enteric reservoir, viruses of plants, and novel viruses. Viromes from Northern Territory children contained more viral families per sample than viromes from Melbourne, which could be attributed largely to an increased number of sequences from the families Adenoviridae and Picornaviridae (genus enterovirus). qRT-PCR/PCR confirmed the increased prevalence of adenoviruses and enteroviruses. Testing of additional diarrhea cohorts by qRT-PCR/PCR demonstrated statistically different prevalences in different geographic sites. These findings raise the question of whether the virome plays a role in enteric diseases and conditions that vary with geography. 22 different viral families detected in pediatric diarrhea. More viral families in diarrhea from Northern Territory than diarrhea from Melbourne. Adenoviridae and Picornaviridae more common in Northern Territory than in Melbourne. qRT-PCR/PCR confirmed the increased prevalence of adenoviruses and enteroviruses. Viromes in patients with diarrhea differ between two different geographic sites.
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