Sense-antisense pairs in mammals: functional and evolutionary considerations.
Sense-antisense pairs in mammals: functional and evolutionary considerations.
复制标题
哺乳动物中的正义-反义对：功能和进化考虑。
DOI：
10.1186/gb-2007-8-3-r40
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
de Souza, Sandro J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galante, Pedro A. F.;Vidal, Daniel O.;de Souza, Jorge E.;Camargo, Anamaria A.;de Souza, Sandro J.
对人类和小鼠基因组中S-AS对的分析揭示了天然反义转录物的几种假定作用，并表明有些是cDNA文库构建的产物。哺乳动物基因组中的大量基因被发现具有天然反义转录物（NAT）。这些有义-反义（S-AS）对被认为参与了几种细胞现象。在这里，我们通过分析公共领域中可用的不同来源的表达序列以及来自各种人类和小鼠组织的122个大规模平行签名测序（MPSS）文库，生成了人类和小鼠基因组中存在的S-AS对目录。使用这两个基因组中近20，000个S-AS对的数据集，我们以计算和实验的方式研究了NAT的几个假定角色，包括基因表达调控。此外，这些全球性的分析使我们能够更好地剖析和提出新的角色NAT。令人惊讶的是，我们发现一个显着的部分NAT的cDNA文库构建过程中产生的基因组引发的文物。我们提出了一个进化和功能模型，其中替代聚腺苷酸化和逆转录占了哺乳动物基因组中大量的功能性S-AS对的起源。
Analysis of a catalog of S-AS pairs in the human and mouse genomes revealed several putative roles for natural antisense transcripts and showed that some are artifacts of cDNA library construction. A significant number of genes in mammalian genomes are being found to have natural antisense transcripts (NATs). These sense-antisense (S-AS) pairs are believed to be involved in several cellular phenomena. Here, we generated a catalog of S-AS pairs occurring in the human and mouse genomes by analyzing different sources of expressed sequences available in the public domain plus 122 massively parallel signature sequencing (MPSS) libraries from a variety of human and mouse tissues. Using this dataset of almost 20,000 S-AS pairs in both genomes we investigated, in a computational and experimental way, several putative roles that have been assigned to NATs, including gene expression regulation. Furthermore, these global analyses allowed us to better dissect and propose new roles for NATs. Surprisingly, we found that a significant fraction of NATs are artifacts produced by genomic priming during cDNA library construction. We propose an evolutionary and functional model in which alternative polyadenylation and retroposition account for the origin of a significant number of functional S-AS pairs in mammalian genomes.
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影响因子：
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作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
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作者：
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通讯作者：
Sorek, R
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4.5
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Galante, PAF;Sakabe, NJ;De Souza, SJ
通讯作者：
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人类和小鼠基因组中的复杂基因座。
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作者：
Engstrom, Par G.;Suzuki, Harukazu;Ninomiya, Noriko;Akalin, Altuna;Sessa, Luca;Lavorgna, Giovanni;Brozzi, Alessandro;Luzi, Lucilla;Tan, Sin Lam;Yang, Liang;Kunarso, Galih;ng, Edwin Lian-Cho Ng;Batalov, Serge;Wahlestedt, Claes;Kai, Chikatoshi;Kawai, Jun;Carninci, Piero;Hayashizaki, Yoshihide;Wells, Christine;Bajic, Vladimir B.;Orlando, Valerio;Reid, James F.;Lenhard, Boris;Lipovich, Leonard
通讯作者：
Lipovich, Leonard
DOI：
10.1073/pnas.152324199
发表时间：
2002-08-20
影响因子：
11.1
作者：
Boon, K;Osório, EC;Riggins, GJ
通讯作者：
Riggins, GJ