Improved computational target site prediction for pentatricopeptide repeat RNA editing factors.
Improved computational target site prediction for pentatricopeptide repeat RNA editing factors.
复制标题
改进了五肽重复 RNA 编辑因子的计算靶位点预测。
DOI：
10.1371/journal.pone.0065343
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Graichen K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Takenaka M;Zehrmann A;Brennicke A;Graichen K
具有E结构域的五肽重复(PPR)蛋白已被确定为植物细胞器中C-U RNA编辑的特异性因子。这些PPR蛋白结合到其目标编辑位点的一个独特的序列基序5‘。最近，有报道P(正常长度)和S(短)型PPR结构域中的一个组合氨基酸编码参与了序列特异性的RNA结合。然而，参与核糖核酸编辑的PPR蛋白不仅含有P和S基序，而且还含有它们的长变异体L(长)和L2(长2)以及S2(短2)基序。我们现在发现，包括这些基序提高了对RNA编辑目标位点的预测。以前被忽视的RNA编辑靶点是从已知E-类PPR蛋白的PPR基序结构中建议的，并得到了实验验证。新的PPR蛋白MEF32(线粒体编辑因子32)的RNA编辑靶点被指定，并在cDNA中得到确认。
Pentatricopeptide repeat (PPR) proteins with an E domain have been identified as specific factors for C to U RNA editing in plant organelles. These PPR proteins bind to a unique sequence motif 5′ of their target editing sites. Recently, involvement of a combinatorial amino acid code in the P (normal length) and S type (short) PPR domains in sequence specific RNA binding was reported. PPR proteins involved in RNA editing, however, contain not only P and S motifs but also their long variants L (long) and L2 (long2) and the S2 (short2) motifs. We now find that inclusion of these motifs improves the prediction of RNA editing target sites. Previously overlooked RNA editing target sites are suggested from the PPR motif structures of known E-class PPR proteins and are experimentally verified. RNA editing target sites are assigned for the novel PPR protein MEF32 (mitochondrial editing factor 32) and are confirmed in the cDNA.
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