How old is my gene?
How old is my gene?
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DOI：
10.1016/j.tig.2013.07.001
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发表时间：
2013-11
影响因子：
11.4
通讯作者：
Pollard, Katherine S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Capra, John A.;Stolzer, Maureen;Durand, Dannie;Pollard, Katherine S.
基因功能、相互作用、疾病关联和生态分布都与基因年龄相关。然而，要估计导致现代基因的一系列复杂的进化事件，然后将这段历史简化为一个单一的年龄估计是具有挑战性的。聚焦于真核基因家族，我们介绍了一个框架，在其中比较目前的策略量化基因年龄，讨论这些方法之间的关键差异，并突出几个常见的问题。我们认为，具有复杂进化历史的基因没有一个明确的年龄。因此，必须小心阐明任何使用基因年龄估计的分析的目标和假设。最近的算法进步提供了快速，准确和跨基因家族一致的基因年龄估计的承诺。这将使在不久的将来能够转向对基因进化历史中的所有事件进行全基因组综合分析。
Gene functions, interactions, disease associations, and ecological distributions are all correlated with gene age. However, it is challenging to estimate the intricate series of evolutionary events leading to a modern day gene and then reduce this history to a single age estimate. Focusing on eukaryotic gene families, we introduce a framework in which to compare current strategies for quantifying gene age, discuss key differences between these methods, and highlight several common problems. We argue that genes with complex evolutionary histories do not have a single well-defined age. As a result, care must be taken to articulate the goals and assumptions of any analysis that uses gene age estimates. Recent algorithmic advances offer the promise of gene age estimates that are fast, accurate, and consistent across gene families. This will enable a shift to integrated genome-wide analyses of all events in gene evolutionary histories in the near future.
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