ChromoHub: a data hub for navigators of chromatin-mediated signalling.
ChromoHub: a data hub for navigators of chromatin-mediated signalling.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts340
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发表时间：
2012-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schapira M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu L;Zhen XT;Denton E;Marsden BD;Schapira M
总结：关注染色质介导的表观遗传机制调控的研究活动迅速增加，正在产生关于组蛋白密码的写入者、读取者和擦除者的数据波，如蛋白质甲基转移酶、溴结构域或组蛋白脱乙酰基酶。为了让来自不同领域的研究科学家社区轻松访问这些数据，我们创建了ChromoHub，这是一个在线资源，用户可以在系统发育树上绘制疾病关联，蛋白质结构，化学抑制剂，组蛋白底物，染色体畸变和其他类型的数据从公共存储库和出版的文献中提取。该界面可用于定义蛋白质家族的结构或化学覆盖范围，突出显示结构域架构，询问疾病相关性或放大特定基因以获得更详细的信息。这个开放获取的资源应该成为细胞生物学家，药物化学家，结构生物学家和其他探索染色质信号生物学的导航员的中心。可用性：http://www.thesgc.org/chromohub/.联系方式：matthieu. utoronto.ca补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: The rapidly increasing research activity focused on chromatin-mediated regulation of epigenetic mechanisms is generating waves of data on writers, readers and erasers of the histone code, such as protein methyltransferases, bromodomains or histone deacetylases. To make these data easily accessible to communities of research scientists coming from diverse horizons, we have created ChromoHub, an online resource where users can map on phylogenetic trees disease associations, protein structures, chemical inhibitors, histone substrates, chromosomal aberrations and other types of data extracted from public repositories and the published literature. The interface can be used to define the structural or chemical coverage of a protein family, highlight domain architectures, interrogate disease relevance or zoom in on specific genes for more detailed information. This open-access resource should serve as a hub for cell biologists, medicinal chemists, structural biologists and other navigators that explore the biology of chromatin signalling. Availability: http://www.thesgc.org/chromohub/. Contact: matthieu.schapira@utoronto.ca Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Keshava Prasad TS;Goel R;Kandasamy K;Keerthikumar S;Kumar S;Mathivanan S;Telikicherla D;Raju R;Shafreen B;Venugopal A;Balakrishnan L;Marimuthu A;Banerjee S;Somanathan DS;Sebastian A;Rani S;Ray S;Harrys Kishore CJ;Kanth S;Ahmed M;Kashyap MK;Mohmood R;Ramachandra YL;Krishna V;Rahiman BA;Mohan S;Ranganathan P;Ramabadran S;Chaerkady R;Pandey A
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Pandey A
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Fierz, Beat;Muir, Tom W.
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Muir, Tom W.
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Schultz, J;Copley, RR;Bork, P
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作者：
Wu C;Orozco C;Boyer J;Leglise M;Goodale J;Batalov S;Hodge CL;Haase J;Janes J;Huss JW 3rd;Su AI
通讯作者：
Su AI
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作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.