Quantum Mechanical and Molecular Mechanics Modeling of Membrane-Embedded Rhodopsins
Quantum Mechanical and Molecular Mechanics Modeling of Membrane-Embedded Rhodopsins
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膜嵌入视紫红质的量子力学和分子力学建模
DOI：
10.1007/s00232-019-00095-0
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Brown, Michael F.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ryazantsev, Mikhail N.;Nikolaev, Dmitrii M.;Struts, Andrey V.;Brown, Michael F.
计算化学为在不同的精度水平和不同的时间尺度上研究生物系统的性质和功能提供了多种方法。本文的目的是回顾视紫红质作为光活性膜蛋白原型的计算方法，这在自然界和现代技术中都是非常重要的。对于每一类计算技术，从使用量子力学模拟视紫红质光物理的方法到用于长尺度蛋白质动力学的不太精确的粗粒度方法，我们考虑了可能的应用和主要的改进方向。
Computational chemistry provides versatile methods for studying the properties and functioning of biological systems at different levels of precision and at different time scales. The aim of this article is to review the computational methodologies that are applicable to rhodopsins as archetypes for photoactive membrane proteins that are of great importance both in nature and in modern technologies. For each class of computational techniques, from methods that use quantum mechanics for simulating rhodopsin photophysics to less-accurate coarse-grained methodologies used for long-scale protein dynamics, we consider possible applications and the main directions for improvement.
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DOI：
10.1021/jz200167q
发表时间：
2011
期刊：
The journal of physical chemistry letters
影响因子：
--
作者：
Pastor RW;Mackerell AD Jr
通讯作者：
Mackerell AD Jr
DOI：
10.1073/pnas.1700091115
发表时间：
2018-04-03
影响因子：
11.1
作者：
Ardevol A;Hummer G
通讯作者：
Hummer G
影响因子：
3.3
作者：
Klauda, Jeffery B.;Venable, Richard M.;Freites, J. Alfredo;O'Connor, Joseph W.;Tobias, Douglas J.;Mondragon-Ramirez, Carlos;Vorobyov, Igor;MacKerell, Alexander D., Jr.;Pastor, Richard W.
通讯作者：
Pastor, Richard W.
粗粒度分子动力学可以深入了解脂质和胆固醇与视紫红质的相互作用。
影响因子：
--
作者：
Horn,JoshuaN;Kao,Ta-Chun;Grossfield,Alan
通讯作者：
Grossfield,Alan
影响因子：
16.6
作者：
Govorunova EG;Sineshchekov OA;Li H;Spudich JL
通讯作者：
Spudich JL