Deciphering a transcriptional regulatory code: modeling short-range repression in the Drosophila embryo.
Deciphering a transcriptional regulatory code: modeling short-range repression in the Drosophila embryo.
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DOI：
10.1038/msb.2009.97
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发表时间：
2010
影响因子：
9.9
通讯作者：
Arnosti, David N.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fakhouri, Walid D.;Ay, Ahmet;Sayal, Rupinder;Dresch, Jacqueline;Dayringer, Evan;Arnosti, David N.
系统生物学寻求一个基因组水平的解释转录调控信息所代表的模式的蛋白质结合位点。在没有直接实验的情况下获得这些信息是具有挑战性的;结合位点的微小改变可以对基因表达产生深远的影响，并成为疾病和进化的重要方面的基础。定量建模提供了另一种途径，以发展一个全球性的理解转录调控代码。最近的研究集中在内源性调控序列，然而，不同的增强子在许多功能上不同，使得它很难推广到其他顺式调控元件。我们采用了一种系统的方法，以更简单的元素，并在这里提出的第一个定量分析的短距离转录抑制因子，这在后生动物的发展具有重要的功能。我们基于分数占据的建模发现了这些蛋白质活性的意想不到的特征，这些特征允许准确预测Giant，Knirps，Krüppel和Snail阻遏物的调节，包括内源性增强子的建模。这项研究提供了一个转录调控代码，将允许在果蝇和相关生物体的基因组信息进行广泛的分析的基本要素。
Systems biology seeks a genomic-level interpretation of transcriptional regulatory information represented by patterns of protein-binding sites. Obtaining this information without direct experimentation is challenging; minor alterations in binding sites can have profound effects on gene expression, and underlie important aspects of disease and evolution. Quantitative modeling offers an alternative path to develop a global understanding of the transcriptional regulatory code. Recent studies have focused on endogenous regulatory sequences; however, distinct enhancers differ in many features, making it difficult to generalize to other cis-regulatory elements. We applied a systematic approach to simpler elements and present here the first quantitative analysis of short-range transcriptional repressors, which have central functions in metazoan development. Our fractional occupancy-based modeling uncovered unexpected features of these proteins’ activity that allow accurate predictions of regulation by the Giant, Knirps, Krüppel, and Snail repressors, including modeling of an endogenous enhancer. This study provides essential elements of a transcriptional regulatory code that will allow extensive analysis of genomic information in Drosophila melanogaster and related organisms.
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影响因子：
4.5
作者：
Hare, Emily E.;Peterson, Brant K.;Iyer, Venky N.;Meier, Rudolf;Eisen, Michael B.
通讯作者：
Eisen, Michael B.
影响因子：
9.8
作者：
Mayo AE;Setty Y;Shavit S;Zaslaver A;Alon U
通讯作者：
Alon U
DOI：
10.1073/pnas.231608898
发表时间：
2002-01-22
影响因子：
11.1
作者：
Berman, BP;Nibu, Y;Eisen, MB
通讯作者：
Eisen, MB
影响因子：
64.8
作者：
DRIEVER, W;THOMA, G;NUSSLEINVOLHARD, C
通讯作者：
NUSSLEINVOLHARD, C
影响因子：
30.8
作者：
Janssens, Hilde;Hou, Shuling;Reinitz, John
通讯作者：
Reinitz, John