Starch catabolism by a prominent human gut symbiont is directed by the recognition of amylose helices.
Starch catabolism by a prominent human gut symbiont is directed by the recognition of amylose helices.
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DOI：
10.1016/j.str.2008.03.017
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发表时间：
2008-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smith TJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koropatkin NM;Martens EC;Gordon JI;Smith TJ
人类肠道微生物群执行的功能不是编码在我们的H。智人基因组，包括加工其他不可消化的膳食多糖。定义蛋白质的结构参与进口和降解的特定聚糖的糖分解细菌补充基因组分析的营养加工能力的肠道社区。在这里，我们描述了一个这样的蛋白质，SusD，所需的淀粉结合和利用的多形拟杆菌，一个突出的适应性觅食的聚糖在远端人类肠道微生物群的原子结构。这种独特的α-螺旋蛋白的结合口袋含有一个芳香残基弧，补充了淀粉的天然螺旋结构，并将这种构象强加于结合的麦芽七糖。此外，SusD以比线性形式更高的亲和力结合环状寡糖。几种SusD/寡糖复合物的结构揭示了由寡糖的三维构象而不是与复合糖的特异性相互作用主导的固有配体识别可塑性。
The human gut microbiota performs functions that are not encoded in our H. sapiens genome including the processing of otherwise undigestible dietary polysaccharides. Defining the structures of proteins involved in import and degradation of specific glycans by saccharolytic bacteria complements genomic analysis of the nutrient processing capabilities of gut communities. Here we describe the atomic structure of one such protein, SusD, required for starch binding and utilization by Bacteroides thetaiotaomicron, a prominent adaptive forager of glycans in the distal human gut microbiota. The binding pocket of this unique α-helical protein contains an arc of aromatic residues that complements the natural helical structure of starch and imposes this conformation on bound maltoheptaose. Further, SusD binds cyclic oligosaccharides with higher affinity than linear forms. The structures of several SusD/oligosaccharide complexes reveal an inherent ligand recognition plasticity dominated by the three-dimensional conformation of the oligosaccharides rather than specific interactions with the composite sugars.
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影响因子：
3.4
作者：
Cho, JC;Giovannoni, SJ
通讯作者：
Giovannoni, SJ
影响因子：
5.1
作者：
Bauer, Margarete;Kube, Michael;Gloeckner, Frank Oliver
通讯作者：
Gloeckner, Frank Oliver
影响因子：
5.6
作者：
IMBERTY, A;CHANZY, H;TRAN, V
通讯作者：
TRAN, V
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
DOI：
10.1016/0019-2791(72)90096-1
发表时间：
1972-01-01
期刊：
IMMUNOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
HORNICK, CL;KARUSH, F
通讯作者：
KARUSH, F