The complete chloroplast genome sequence of Ficus hirta (Moraceae).
The complete chloroplast genome sequence of Ficus hirta (Moraceae).
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Ficus hirta（桑科）完整叶绿体基因组序列
DOI：
10.1080/23802359.2019.1689867
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发表时间：
2019-11-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tian E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y;Chen W;Li F;Li C;Xie X;Chao Z;Tian E
摘要岭南地区长期以来一直将五指毛桃（Ficushirtae）的干燥根作为传统中草药使用。由于其巨大的市场需求，野生资源的开发利用受到了极大的重视。硬毛已急剧减少。开展保护遗传学研究是十分必要的。然而，该物种的进化生物学、种群遗传学和地理学研究仍然缺乏完整的基因组信息。本研究对F.使用下一代测序技术（NGS）对hirta进行测序。对F. hirta全长160，374 bp，包含一个88，446 bp的大单拷贝（LSC）区、一个18，134 bp的小单拷贝（SSC）区和两个26，897 bp的反向重复（伊拉和IRb）区。共注释了130个基因，其中蛋白质编码基因85个，tRNA基因37个，rRNA基因8个。系统发育分析支持榕属为单系，F. hirta与F.卡里卡属于该属。
Abstract The dry root (Radix Fici Hirtae) of Ficus hirta has been used as a traditional herbal medicine in Ling nan regions of China for a long time. As its large market demand, the wild resources of F. hirta have sharply reduced. It is necessary to conduct the study of conservation genetics. However, there is still lack of complete genome information for the research on evolutionary biology, population genetics and phylogeography of this species. Here, we sequenced the complete chloroplast (CP) genome of F. hirta using Next Generation Sequencing technology (NGS). The CP genome of F. hirta is 160,374 bp in length, which contains a large single-copy (LSC) region of 88,446 bp, a small sing-copy (SSC) region of 18,134 bp, and two inverted repeat (IRa and IRb) regions of 26,897 bp. A total of 130 genes were successfully annotated containing 85 protein-coding genes, 37 tRNA genes and 8 rRNA genes. Phylogenetic analysis support genus Ficus is monophyletic and F. hirta is closely related to F. carica within this genus.
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