Echinobase: leveraging an extant model organism database to build a knowledgebase supporting research on the genomics and biology of echinoderms.
Echinobase: leveraging an extant model organism database to build a knowledgebase supporting research on the genomics and biology of echinoderms.
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DOI：
10.1093/nar/gkab1005
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Hinman VF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arshinoff BI;Cary GA;Karimi K;Foley S;Agalakov S;Delgado F;Lotay VS;Ku CJ;Pells TJ;Beatman TR;Kim E;Cameron RA;Vize PD;Telmer CA;Croce JC;Ettensohn CA;Hinman VF
棘皮库(www.echinobase.org)是支持棘皮动物基因组研究的第三代网络资源。新版本是通过克隆成熟的非洲爪哇模式生物知识库、Xenbase、重构数据摄取管道和修改用户界面以适应多物种棘皮动物的内容而构建的。这一方法利用了过去15年的数据库和网络应用程序开发，在一年内产生了一个新的功能齐全的信息学资源。除了软件堆栈，Echinobase还使用支持Xenbase的私有云和物理主机。棘皮库目前支持六种棘皮动物，主要用于基因组学、发育生物学和基因调控网络分析。超过38,000个基因页面，18,000个出版物，新的改进的基因组组件，JBrowse基因组浏览器和BLAST+服务是可用的，并得到了新棘皮动物解剖本体、统一应用的正式基因命名法和一致的正交学预测的开发的支持。Echinobase的一个新特性是集成了对多个不同物种的支持。当数据可用时，将添加和支持来自不同棘皮动物门的新基因组。综合知识库的公共代码开发设计确保随着每种资源的发展而并行改进。该方法可广泛应用于新型生物信息学资源的开发。
Echinobase (www.echinobase.org) is a third generation web resource supporting genomic research on echinoderms. The new version was built by cloning the mature Xenopus model organism knowledgebase, Xenbase, refactoring data ingestion pipelines and modifying the user interface to adapt to multispecies echinoderm content. This approach leveraged over 15 years of previous database and web application development to generate a new fully featured informatics resource in a single year. In addition to the software stack, Echinobase uses the private cloud and physical hosts that support Xenbase. Echinobase currently supports six echinoderm species, focused on those used for genomics, developmental biology and gene regulatory network analyses. Over 38 000 gene pages, 18 000 publications, new improved genome assemblies, JBrowse genome browser and BLAST + services are available and supported by the development of a new echinoderm anatomical ontology, uniformly applied formal gene nomenclature, and consistent orthology predictions. A novel feature of Echinobase is integrating support for multiple, disparate species. New genomes from the diverse echinoderm phylum will be added and supported as data becomes available. The common code development design of the integrated knowledgebases ensures parallel improvements as each resource evolves. This approach is widely applicable for developing new model organism informatics resources.
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14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
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Davidson, Eric H.
通讯作者：
Davidson, Eric H.
影响因子：
14.9
作者：
Cameron RA;Samanta M;Yuan A;He D;Davidson E
通讯作者：
Davidson E
DOI：
10.1007/978-1-4939-7737-6_12
发表时间：
2018-01-01
期刊：
EUKARYOTIC GENOMIC DATABASES: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Cary, Gregory A.;Cameron, R. Andrew;Hinman, Veronica F.
通讯作者：
Hinman, Veronica F.
影响因子：
14.9
作者：
Allot, Alexis;Lee, Kyubum;Lu, Zhiyong
通讯作者：
Lu, Zhiyong