Tomato Expression Database (TED): a suite of data presentation and analysis tools.
Tomato Expression Database (TED): a suite of data presentation and analysis tools.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkj110
复制
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Giovannoni J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fei Z;Tang X;Alba R;Giovannoni J
番茄表达数据库（TED）包括三个集成组件。番茄微阵列数据仓库是公共番茄cDNA微阵列原始基因表达数据的中央存储库。除了表达式数据外，TED还按照MIAME指南存储实验设计和阵列信息，并提供web接口供研究人员检索数据以供他们自己分析和使用。番茄微阵列表达数据库包含标准化和处理过的10个时间点的微阵列数据，其中包括正常番茄品种在果实发育和成熟过程中的9个成对比较，以及影响果实发育和成熟的近等基因单基因突变。最后，番茄数字表达数据库包含原始的和标准化的数字表达（EST丰度）数据，这些数据来自于对完整的公共番茄EST收集的分析，其中包含来自27个不同的非标准化EST库的bbb150000个EST。最后一个组件还包括用于比较番茄和拟南芥数字表达数据的工具。一组查询接口、分析和可视化工具已经被开发并整合到TED中，这些工具帮助用户从我们的数据集中识别和破译生物学上重要的信息。TED的网址是。
The Tomato Expression Database (TED) includes three integrated components. The Tomato Microarray Data Warehouse serves as a central repository for raw gene expression data derived from the public tomato cDNA microarray. In addition to expression data, TED stores experimental design and array information in compliance with the MIAME guidelines and provides web interfaces for researchers to retrieve data for their own analysis and use. The Tomato Microarray Expression Database contains normalized and processed microarray data for ten time points with nine pair-wise comparisons during fruit development and ripening in a normal tomato variety and nearly isogenic single gene mutants impacting fruit development and ripening. Finally, the Tomato Digital Expression Database contains raw and normalized digital expression (EST abundance) data derived from analysis of the complete public tomato EST collection containing >150 000 ESTs derived from 27 different non-normalized EST libraries. This last component also includes tools for the comparison of tomato and Arabidopsis digital expression data. A set of query interfaces and analysis, and visualization tools have been developed and incorporated into TED, which aid users in identifying and deciphering biologically important information from our datasets. TED can be accessed at .
登录
查看更多内容
番茄测序项目，这是国际茄科项目（SOL）的第一个基石。
影响因子：
--
作者：
Mueller, LA;Tanksley, SD;Giovannoni, JJ;van Eck, J;Stack, S;Choi, D;Kim, BD;Chen, MS;Cheng, ZK;Li, CY;Ling, HQ;Xue, YB;Seymour, G;Bishop, G;Bryan, G;Sharma, R;Khurana, J;Tyagi, A;Chattopadhyay, D;Singh, NK;Stiekema, W;Lindhout, P;Jesse, T;Lankhorst, RK;Bouzayen, M;Shibata, D;Tabata, S;Granell, A;Botella, MA;Giullano, G;Frusciante, L;Causse, M;Zamir, D
通讯作者：
Zamir, D
影响因子：
7.4
作者：
Mueller, LA;Solow, TH;Tanksley, SD
通讯作者：
Tanksley, SD
影响因子：
14.9
作者：
Shen, LH;Gong, J;Dickerson, JA
通讯作者：
Dickerson, JA
影响因子：
11.6
作者：
LANAHAN, MB;YEN, HC;KLEE, HJ
通讯作者：
KLEE, HJ
影响因子：
5.8
作者：
Pavlidis, P;Noble, WS
通讯作者：
Noble, WS