Incongruence between nuclear and chloroplast DNA phylogenies in pedicularis section Cyathophora (Orobanchaceae).
Incongruence between nuclear and chloroplast DNA phylogenies in pedicularis section Cyathophora (Orobanchaceae).
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小儿cyathophora（Orobanchaceae）中的核成形细胞系统发育不一致。
DOI：
10.1371/journal.pone.0074828
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu WB;Huang PH;Li DZ;Wang H
马先蒿科 Cyathophora 是一个单系类群，其特征是每个节处有穿孔叶和/或苞片基部。本节包括四个系列，分别对应马先蒿的四种一般花冠类型，即无齿花冠、有齿花冠、喙花冠和长管花冠。在这项研究中，我们的目标是重建 Cyathophora 部分的全面系统发育，并比较核数据集和叶绿体数据集之间的系统发育不一致。对 67 份属于马先蒿科的材料和 9 份属于马先蒿属的材料进行了取样，并对 1 个核基因 (nrITS) 和 4 个叶绿体基因 (matK、rbcL、trnH-psbA 和 trnL-F) 进行了测序。系统发育分析表明，从 nrITS 和串联叶绿体数据集推断出的拓扑和网络不一致，并且 nrITS 系统发育和网络在一定程度上与基于形态的分类学一致。四川两个样本的叶绿体基因组。 cyathophylloides (E4 和 E5) 可能显示来自 P 的祖先的基因渗入。叶藻。 nrITS 数据集和串联叶绿体数据集都无法充分解析 Reges 系列中物种之间的关系；这很可能是由于不完整的谱系排序和/或基因渗入/杂交造成的。 nrITS系统发育表明，无喙（有齿和无牙）和喙帽状帽藻可能是在Cyathophora组内独立进化的，而叶绿体系统发育表明，长花冠管和带喙帽状帽帽是从短花冠管衍生而来。
Pedicularis section Cyathophora is a monophyletic group characterized by perfoliate leaf and/or bract bases at each node. This section comprises four series, corresponding to four general corolla types of Pedicularis , i.e. toothless, toothed, beaked and long-tubed corollas. In this study, we aim to reconstruct a comprehensive phylogeny of section Cyathophora , and compare phylogenetic incongruence between nuclear and chloroplast datasets. Sixty-seven accessions belonging to section Cyathophora and 9 species for other Pedicularis were sampled, and one nuclear gene (nrITS) and four chloroplast genes (matK, rbcL, trnH-psbA and trnL-F) were sequenced. Phylogenetic analyses show that the topologies and networks inferred from nrITS and the concatenated chloroplast datasets were incongruent, and the nrITS phylogenies and network agreed with the morphology-based taxonomy to some degree. The chloroplast genome of two Sichuan samples of P . cyathophylloides (E4 and E5) may show introgression from an ancestor of P . cyathophylla . Neither the nrITS dataset nor the concatenated chloroplast dataset were able to adequately resolve relationships among species in the series Reges; this is most likely due to incomplete lineage sorting and/or introgression/hybridization. The nrITS phylogeny indicates the beakless (toothed and toothless) and beaked galeas may have evolved independently within section Cyathophora , and the chloroplast phylogeny reveals that the long corolla tube with beaked galea is derived from the short one.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq224
发表时间：
2010-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Katoh K;Toh H
通讯作者：
Toh H
影响因子：
10.7
作者：
Kolaczkowski, Bryan;Thornton, Joseph W.
通讯作者：
Thornton, Joseph W.
影响因子：
10.7
作者：
Okuyama, Y;Fujii, N;Kato, M
通讯作者：
Kato, M
影响因子：
6.5
作者：
Huelsenbeck, JP;Rannala, B
通讯作者：
Rannala, B
影响因子：
3.3
作者：
LI, HL
通讯作者：
LI, HL