Identification and selection of normalization controls for quantitative transcript analysis in Blumeria graminis.
Identification and selection of normalization controls for quantitative transcript analysis in Blumeria graminis.
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DOI：
10.1111/mpp.12300
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发表时间：
2016-05
影响因子：
4.9
通讯作者：
Spanu PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pennington HG;Li L;Spanu PD
专性生物营养型病原体（例如B Lumeria graminis）的研究提出了许多挑战。由于宿主材料的存在，许多测定的灵敏度降低。此外，植物内部和外部的真菌结构具有非常不同的特征。在定量真实的时间聚合酶链反应（qPCR）中使用标准化基因来补偿由于模板材料的数量和质量而导致的变化。这样的基因被用作参考，与感兴趣的基因进行比较，从而实现真正的定量。在这里，我们鉴定了六个潜在的B . graminis和五个大麦基因用于qPCR标准化。在大麦表皮、B . graminis附生结构和吸器中，在感染时间过程中测定了转录本丰度的相对变化。B . graminis甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、肌动蛋白（ACT）和组蛋白3（H3）基因以及大麦GAPDH、泛素（UBI）和α-微管蛋白2 B（TUBA 2 B）基因是感染周期期间qPCR的最佳标准化对照。然后将这些基因用于定量候选分泌效应蛋白（CSEP）家族21的成员、分生孢子特异性基因和编码CSEP 0064的推定相互作用物的大麦基因的标准化。分析表明，重要的是要确定哪些参考基因是适当的每一个调查。
The investigation of obligate biotrophic pathogens, for example B lumeria graminis, presents a number of challenges. The sensitivity of many assays is reduced because of the presence of host material. Furthermore, the fungal structures inside and outside of the plant possess very different characteristics. Normalization genes are used in quantitative real‐time polymerase chain reaction (qPCR) to compensate for changes as a result of the quantity and quality of template material. Such genes are used as references against which genes of interest are compared, enabling true quantification. Here, we identified six potential B . graminis and five barley genes for qPCR normalization. The relative changes in abundance of the transcripts were assayed across an infection time course in barley epidermis, in B . graminis epiphytic structures and haustoria. The B . graminis glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenase (GAPDH), actin (ACT) and histone 3 (H3) genes and the barley GAPDH, ubiquitin (UBI) and α‐tubulin 2B (TUBA2B) genes were optimal normalization controls for qPCR during the infection cycle. These genes were then used for normalization in the quantification of the members of a Candidate Secreted Effector Protein (CSEP) family 21, a conidia‐specific gene and barley genes encoding putative interactors of CSEP0064. The analysis demonstrates the importance of identifying which reference genes are appropriate for each investigation.
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影响因子：
82.9
作者：
Fink, L;Seeger, W;Bohle, RM
通讯作者：
Bohle, RM
DOI：
10.1126/science.1171652
发表时间：
2009-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Panstruga R;Dodds PN
通讯作者：
Dodds PN
影响因子：
5.3
作者：
Jarosová J;Kundu JK
通讯作者：
Kundu JK
影响因子：
1.5
作者：
Ma, Jian;Jiang, Qian-Tao;Zheng, You-Liang
通讯作者：
Zheng, You-Liang
影响因子：
7
作者：
Heid, CA;Stevens, J;Williams, PM
通讯作者：
Williams, PM