AlloFinder: a strategy for allosteric modulator discovery and allosterome analyses.
AlloFinder: a strategy for allosteric modulator discovery and allosterome analyses.
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AlloFinder：变构调节剂发现和变构组分析的策略
DOI：
10.1093/nar/gky374
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang M;Song K;Liu X;Lu S;Shen Q;Wang R;Gao J;Hong Y;Li Q;Ni D;Xu J;Chen G;Zhang J
摘要Allostery改变了无数的生物过程，在人类疾病和药物发现中发挥着重要作用。因此，探索变构被认为是研究生物学机制和开发新疗法的关键要求。在这里，基于我们以前开发的变构数据和方法，我们提出了一个名为Alloprotein的交互式平台，该平台可识别潜在的内源性或外源性变构调节剂及其参与人类变构体。别构酶自动合并别构位点鉴定、别构筛选和调节剂-蛋白质复合物的别构评分评价以鉴定别构调节剂，随后进行预测的别构位点和人蛋白质组中的调节剂的别构组作图分析。该Web服务器在已知变构蛋白中的变构代谢物和外源性变构调节剂的重新出现方面表现出突出的性能。具体而言，别构酶能够鉴定代谢酶的别构代谢物，并筛选疾病相关靶标的潜在别构化合物。重要的是，在信号转导和转录激活3（STAT 3）的真实的情况下测试了别构肽发现别构调节剂的可行性，并通过诱变和功能实验验证。总的来说，别构肽有望有助于探索代谢物和代谢酶之间的别构调节机制，并加速别构药物的发现。Allocation Web服务器可在http://mdl.shsmu.edu.cn/ALF/上免费向所有用户提供。
Abstract Allostery tweaks innumerable biological processes and plays a fundamental role in human disease and drug discovery. Exploration of allostery has thus been regarded as a crucial requirement for research on biological mechanisms and the development of novel therapeutics. Here, based on our previously developed allosteric data and methods, we present an interactive platform called AlloFinder that identifies potential endogenous or exogenous allosteric modulators and their involvement in human allosterome. AlloFinder automatically amalgamates allosteric site identification, allosteric screening and allosteric scoring evaluation of modulator–protein complexes to identify allosteric modulators, followed by allosterome mapping analyses of predicted allosteric sites and modulators in human proteome. This web server exhibits prominent performance in the reemergence of allosteric metabolites and exogenous allosteric modulators in known allosteric proteins. Specifically, AlloFinder enables identification of allosteric metabolites for metabolic enzymes and screening of potential allosteric compounds for disease-related targets. Significantly, the feasibility of AlloFinder to discover allosteric modulators was tested in a real case of signal transduction and activation of transcription 3 (STAT3) and validated by mutagenesis and functional experiments. Collectively, AlloFinder is expected to contribute to exploration of the mechanisms of allosteric regulation between metabolites and metabolic enzymes, and to accelerate allosteric drug discovery. The AlloFinder web server is freely available to all users at http://mdl.shsmu.edu.cn/ALF/.
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影响因子：
62.1
作者：
Huang, Pengxiang;Chandra, Vikas;Rastinejad, Fraydoon
通讯作者：
Rastinejad, Fraydoon
DOI：
10.1016/j.str.2016.03.008
发表时间：
2016-05-03
期刊：
Structure (London, England : 1993)
影响因子：
--
作者：
Clarke D;Sethi A;Li S;Kumar S;Chang RWF;Chen J;Gerstein M
通讯作者：
Gerstein M
DOI：
10.1038/nrd2760
发表时间：
2009-01
期刊：
Nature reviews. Drug discovery
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
变构：“生活的第二秘密”的插图定义。
影响因子：
13.8
作者：
Fenton, Aron W.
通讯作者：
Fenton, Aron W.
影响因子：
14.9
作者：
Kaya C;Armutlulu A;Ekesan S;Haliloglu T
通讯作者：
Haliloglu T