A primer on metagenomics.
A primer on metagenomics.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pcbi.1000667
复制
发表时间：
2010-02-26
影响因子：
4.3
通讯作者：
Friedberg I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wooley JC;Godzik A;Friedberg I
宏基因组学是一门学科，可以对未培养的微生物进行基因组研究。更快，更便宜的测序技术以及直接从其栖息地采样的未养殖微生物的能力正在扩大和改变我们对微生物世界的看法。从数百万新基因组序列中提取有意义的信息给生物信息学家带来了严重的挑战。在培养的微生物中，基因组数据来自单个克隆，使得序列组装和注释可牵涉。在宏基因组学中，数据来自异质的微生物群落，有时包含10,000多种物种，序列数据嘈杂和部分。从采样到组装，再到基因调用和功能预测，生物信息学都面临着解释大量，嘈杂和通常部分序列数据的新需求。尽管宏基因组学是科学的相对新来者，但过去几年中，在基于元基因组研究的计算方法中发生了爆炸。因此，提供详尽的审查不在本文的范围之内。相反，我们在这里提供了对宏基因组学提出的当前计算要求的简洁而全面的介绍，并回顾了最近取得的进展。我们还注意到是否有软件可以实现此处介绍的任何方法，并简要审查其实用程序。但是，如果本文的读者利用本期刊提供的评论部分并将自己的经验联系起来，这将是有用的。最后，本文的最后一部分提供了一些代表性研究，以说明使用元基因组学做出的最新科学发现的不同方面。
Metagenomics is a discipline that enables the genomic study of uncultured microorganisms. Faster, cheaper sequencing technologies and the ability to sequence uncultured microbes sampled directly from their habitats are expanding and transforming our view of the microbial world. Distilling meaningful information from the millions of new genomic sequences presents a serious challenge to bioinformaticians. In cultured microbes, the genomic data come from a single clone, making sequence assembly and annotation tractable. In metagenomics, the data come from heterogeneous microbial communities, sometimes containing more than 10,000 species, with the sequence data being noisy and partial. From sampling, to assembly, to gene calling and function prediction, bioinformatics faces new demands in interpreting voluminous, noisy, and often partial sequence data. Although metagenomics is a relative newcomer to science, the past few years have seen an explosion in computational methods applied to metagenomic-based research. It is therefore not within the scope of this article to provide an exhaustive review. Rather, we provide here a concise yet comprehensive introduction to the current computational requirements presented by metagenomics, and review the recent progress made. We also note whether there is software that implements any of the methods presented here, and briefly review its utility. Nevertheless, it would be useful if readers of this article would avail themselves of the comment section provided by this journal, and relate their own experiences. Finally, the last section of this article provides a few representative studies illustrating different facets of recent scientific discoveries made using metagenomics.
登录
查看更多内容
影响因子：
7
作者：
Chaisson, Mark J.;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
9.5
作者：
Azad, RK;Borodovsky, M
通讯作者：
Borodovsky, M
影响因子：
2.2
作者：
Countway, PD;Gast, RJ;Caron, DA
通讯作者：
Caron, DA
DOI：
10.1073/pnas.0806191105
发表时间：
2009-02-10
影响因子：
11.1
作者：
Brulc, Jennifer M.;Antonopoulos, Dionysios A.;White, Bryan A.
通讯作者：
White, Bryan A.
影响因子：
4.4
作者：
Achenbach, LA;Carey, J;Madigan, MT
通讯作者：
Madigan, MT