STREAM: Static Thermodynamic REgulAtory Model of transcription.
STREAM: Static Thermodynamic REgulAtory Model of transcription.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn467
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发表时间：
2008-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bailey TL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bauer DC;Bailey TL
动机：详细了解基因的转录调控是揭示并最终利用基因组调控语法的关键一步。使用热力学方程对转录调节进行建模已成为实现这一目标的越来越重要的方法。在这里，我们提出了流，第一个公开可用的框架建模，可视化和预测的目标基因的转录速率的调节。给定一组转录因子（TF）的浓度、调控DNA区域中的TF结合位点（TFBS）以及靶基因的转录速率，stream将优化其参数以生成最适合输入数据的模型。然后，该训练的模型可用于（a）验证给定的TF组能够调节靶基因，和（B）预测不同条件（例如，不同组织、敲除/额外的TF或突变/缺失的TFBS）下的转录速率。可用性：与平台无关的流可执行文件，以及教程和完整文档，可以在http://bioinformatics.org.au/stream/上获得。流需要Java版本5或更高版本。联系人：d. imb.uq.edu.au; t. imb.uq.edu.au
Motivation: Understanding the transcriptional regulation of a gene in detail is a crucial step towards uncovering and ultimately utilizing the regulatory grammar of the genome. Modeling transcriptional regulation using thermodynamic equations has become an increasingly important approach towards this goal. Here, we present stream, the first publicly available framework for modeling, visualizing and predicting the regulation of the transcription rate of a target gene. Given the concentrations of a set of transcription factors (TFs), the TF binding sites (TFBSs) in a regulatory DNA region, and the transcription rate of the target gene, stream will optimize its parameters to generate a model that best fits the input data. This trained model can then be used to (a) validate that the given set of TFs is able to regulate the target gene and (b) to predict the transcription rate under different conditions (e.g. different tissues, knockout/additional TFs or mutated/missing TFBSs). Availability: The platform independent executable of stream, as well as a tutorial and the full documentation, are available at http://bioinformatics.org.au/stream/. stream requires Java version 5 or higher. Contact: d.bauer@imb.uq.edu.au; t.bailey@imb.uq.edu.au
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影响因子：
30.8
作者：
Janssens, Hilde;Hou, Shuling;Reinitz, John
通讯作者：
Reinitz, John
DOI：
10.1159/000070462
发表时间：
2003-01-01
期刊：
ComPlexUs
影响因子：
--
作者：
Reinitz, John;Hou, Shuling;Sharp, David H.
通讯作者：
Sharp, David H.
影响因子：
5.8
作者：
Stormo, GD
通讯作者：
Stormo, GD
影响因子：
3
作者：
Bauer, Denis C.;Bailey, Timothy L.
通讯作者：
Bailey, Timothy L.
影响因子：
9.2
作者：
Zinzen, Robert P.;Senger, Kate;Papatsenko, Dmitri
通讯作者：
Papatsenko, Dmitri