Mitochondria and Peroxisome Remodeling across Cytomegalovirus Infection Time Viewed through the Lens of Inter-ViSTA.
Mitochondria and Peroxisome Remodeling across Cytomegalovirus Infection Time Viewed through the Lens of Inter-ViSTA.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2020.107943
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发表时间：
2020-07-28
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Cristea IM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Federspiel JD;Cook KC;Kennedy MA;Venkatesh SS;Otter CJ;Hofstadter WA;Jean Beltran PM;Cristea IM
几乎所有的生物过程都依赖于跨越细胞空间和时间的蛋白质相互作用的微调协调。因此，在生物学研究中，产生蛋白质相互作用已成为例行公事，然而解释这些数据集仍然是计算上的挑战。在这里，我们介绍InterVista(时空分析中的交互可视化)，这是一个基于Web的平台，可以快速构建动画蛋白质交互网络，并自动合成关于蛋白质丰度、功能、复合体和亚细胞定位的信息。利用InterVista结合蛋白质组学和分子病毒学，我们定义了人巨细胞病毒(HCMV)抗凋亡蛋白pUL37×1的病毒-宿主相互作用。我们发现时空受控的相互作用是pUL37×1功能的基础，促进了感染过程中线粒体和过氧化物体的亲病毒重塑。相互分离、显微镜和遗传操作进一步表征了这些关联，揭示了pUL37×1和MIB复合体之间的相互作用，这对线粒体的完整性至关重要。在过氧化酶体，我们发现pUL37×1激活PEX11β来调节分裂，这是病毒组装和传播的关键方面。InterVista是一个计算平台，可以加速动态蛋白质相互作用数据集的可视化和分析。在人类巨细胞病毒感染期间使用InterVista，FederSpiel等人。定义病毒蛋白pUL37的时间和空间控制的相互作用组，揭示病毒与宿主的相互作用，这些相互作用是线粒体和过氧化物体的亲病毒细胞器重塑的基础。
Nearly all biological processes rely on the finely tuned coordination of protein interactions across cellular space and time. Accordingly, generating protein interactomes has become routine in biological studies, yet interpreting these datasets remains computationally challenging. Here, we introduce Inter-ViSTA (Interaction Visualization in Space and Time Analysis), a web-based platform that quickly builds animated protein interaction networks and automatically synthesizes information on protein abundances, functions, complexes, and subcellular localizations. Using Inter-ViSTA with proteomics and molecular virology, we define virus-host interactions for the human cytomegalovirus (HCMV) anti-apoptotic protein, pUL37×1. We find that spatiotemporal controlled interactions underlie pUL37×1 functions, facilitating the pro-viral remodeling of mitochondria and peroxisomes during infection. Reciprocal isolations, microscopy, and genetic manipulations further characterize these associations, revealing the interplay between pUL37×1 and the MIB complex, which is critical for mitochondrial integrity. At the peroxisome, we show that pUL37×1 activates PEX11β to regulate fission, a key aspect of virus assembly and spread. Inter-ViSTA is a computational platform that accelerates the visualization and analysis of dynamic protein interaction datasets. Using Inter-ViSTA during human cytomegalovirus infection, Federspiel et al. define the temporally and spatially controlled interactome of the viral protein pUL37, revealing virus-host interactions that underlie the pro-viral organelle remodeling of mitochondria and peroxisomes.
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影响因子：
3.5
作者：
De Vos KJ;Mórotz GM;Stoica R;Tudor EL;Lau KF;Ackerley S;Warley A;Shaw CE;Miller CC
通讯作者：
Miller CC
DOI：
10.1080/10409238.2016.1226250
发表时间：
2016
影响因子：
6.5
作者：
Crow MS;Lum KK;Sheng X;Song B;Cristea IM
通讯作者：
Cristea IM
影响因子：
4.4
作者：
Bakalarski, Corey E.;Elias, Joshua E.;Villen, Judit;Haas, Wilhelm;Gerber, Scott A.;Everley, Patrick A.;Gygi, Steven P.
通讯作者：
Gygi, Steven P.
影响因子：
6.7
作者：
Alwine JC
通讯作者：
Alwine JC
影响因子：
5.4
作者：
Das, Subhendu;Pellett, Philip E.
通讯作者：
Pellett, Philip E.