The impact of peptide abundance and dynamic range on stable-isotope-based quantitative proteomic analyses.
The impact of peptide abundance and dynamic range on stable-isotope-based quantitative proteomic analyses.
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DOI：
10.1021/pr800333e
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发表时间：
2008-11
影响因子：
4.4
通讯作者：
Gygi, Steven P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bakalarski, Corey E.;Elias, Joshua E.;Villen, Judit;Haas, Wilhelm;Gerber, Scott A.;Everley, Patrick A.;Gygi, Steven P.
最近，质谱法已被用于许多研究中，以在蛋白质组范围内提供公正、可重复和定量的蛋白质丰度信息。然而，仪器有限的动态范围如何影响此类测量的准确性在很大程度上仍未得到探索，特别是在复杂混合物的情况下。在这里，我们检查了肽信号相对于背景噪声 (S/N) 的分布及其与定量准确性的相关性。通过使用代谢标记的 Jurkat 细胞裂解物，使用混合线性离子阱-傅里叶变换离子回旋共振和 Orbitrap 质谱仪进行检查时，超过一半的可靠鉴定的肽的信噪比小于 10。定量准确度也与信噪比高度相关。我们开发了一种质量精度算法，除了单独使用高精度质量信息之外，还可以显着降低低信噪比下的测量方差，并将其扩展到新的软件套件 Vista 中。我们还评估了质量测量精度和信噪比之间的相互作用；在两个参数之间找到平衡可以产生最大的识别率和定量率。最后，我们证明，当仅检测到单个物种时，S/N 可以作为相对丰度比的有用替代。
Recently, mass spectrometry has been employed in many studies to provide unbiased, reproducible, and quantitative protein abundance information on a proteome-wide scale. However, how instruments’ limited dynamic ranges impact the accuracy of such measurements has remained largely unexplored, especially in the context of complex mixtures. Here, we examined the distribution of peptide signal versus background noise (S/N) and its correlation with quantitative accuracy. With the use of metabolically labeled Jurkat cell lysate, over half of all confidently identified peptides had S/N ratios less than 10 when examined using both hybrid linear ion trap–Fourier transform ion cyclotron resonance and Orbitrap mass spectrometers. Quantification accuracy was also highly correlated with S/N. We developed a mass precision algorithm that significantly reduced measurement variance at low S/N beyond the use of highly accurate mass information alone and expanded it into a new software suite, Vista. We also evaluated the interplay between mass measurement accuracy and S/N; finding a balance between both parameters produced the greatest identification and quantification rates. Finally, we demonstrate that S/N can be a useful surrogate for relative abundance ratios when only a single species is detected.
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DOI：
10.1016/s1044-0305(02)00384-7
发表时间：
2002-06-01
影响因子：
3.2
作者：
Schwartz, JC;Senko, MW;Syka, JEP
通讯作者：
Syka, JEP
影响因子：
46.9
作者：
Dengjel, Joern;Akimov, Vyacheslav;Andersen, Jens S.
通讯作者：
Andersen, Jens S.
影响因子：
4.3
作者：
Bakalarski, Corey E.;Haas, Wilhelm;Gygi, Steven P.
通讯作者：
Gygi, Steven P.
影响因子：
4.8
作者：
Ong, SE;Foster, LJ;Mann, M
通讯作者：
Mann, M
影响因子：
4.4
作者：
Syka, JEP;Marto, JA;Hunt, DF
通讯作者：
Hunt, DF