PAirwise Sequence Comparison (PASC) and its application in the classification of filoviruses.
PAirwise Sequence Comparison (PASC) and its application in the classification of filoviruses.
复制标题
成对序列比较（PASC）及其在丝状病毒分类中的应用。
DOI：
10.3390/v4081318
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发表时间：
2012-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tatusova T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bao Y;Chetvernin V;Tatusova T
PAirwise Sequence Comparison（PASC）是一种利用基因组序列相似性来帮助病毒分类的工具。NCBI的PASC工具使用两种方法：基于BLAST的局部比对和基于Needleman-Wunsch算法的全局比对。它适用于几个科/组的病毒的完整基因组，并且对于丝状病毒科，它目前包括GenBank中可用的52个完整基因组。基于BLAST序列比对的方法对丝状病毒的分类效果较好，可作为丝状病毒分类单元划分标准。当更多具有高分歧的基因组序列变得可用时，这些分界线将很可能变得更加精确。该工具可以将新的丝状病毒基因组序列与数据库中已有的序列进行比较，并提出其分类学分类。
PAirwise Sequence Comparison (PASC) is a tool that uses genome sequence similarity to help with virus classification. The PASC tool at NCBI uses two methods: local alignment based on BLAST and global alignment based on Needleman-Wunsch algorithm. It works for complete genomes of viruses of several families/groups, and for the family of Filoviridae, it currently includes 52 complete genomes available in GenBank. It has been shown that BLAST-based alignment approach works better for filoviruses, and therefore is recommended for establishing taxon demarcation criteria. When more genome sequences with high divergence become available, these demarcations will most likely become more precise. The tool can compare new genome sequences of filoviruses with the ones already in the database, and propose their taxonomic classification.
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