Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt.
Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt.
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DOI：
10.1038/nprot.2009.97
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
基因组实验产生了生物系统的多种观点，其中包括DNA序列和拷贝数变异，mRNA和蛋白质丰度。了解这些系统需要综合的生物信息学分析。公共数据库如Ensembl提供了探针和靶分子的相关集合之间的关系和映射。然而，这些关系在生物学上可能是复杂的，并且数据库的内容是动态的。我们演示了如何使用计算环境R集成和联合分析实验数据集，采用BioMart网络服务提供的分子映射。我们还讨论了典型的问题，在使基因转录蛋白质映射中遇到的。该方法为最先进的生物信息学数据集成提供了灵活、可编程和可重复的基础。
Genomic experiments produce multiple views of biological systems, among them DNA sequence and copy number variation, mRNA and protein abundance. Understanding these systems requires integrated bioinformatic analysis. Public databases such as Ensembl provide relationships and mappings between the relevant sets of probe and target molecules. However, the relationships can be biologically complex and the content of the databases is dynamic. We demonstrate how to use the computational environment R to integrate and jointly analyse experimental datasets, employing BioMart web services to provide the molecule mappings. We also discuss typical problems that are encountered in making gene to transcript to protein mappings. The approach provides a flexible, programmable and reproducible basis for state-of-the-art bioinformatic data integration.
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影响因子：
12.3
作者：
Boutros M;Brás LP;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
14.9
作者：
Bruford, Elspeth A.;Lush, Michael J.;Wright, Mathew W.;Sneddon, Tam P.;Povey, Sue;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
50.3
作者：
Neve, Richard M.;Chin, Koei;Gray, Joe W.
通讯作者：
Gray, Joe W.
影响因子：
14.9
作者：
Parkinson H;Kapushesky M;Kolesnikov N;Rustici G;Shojatalab M;Abeygunawardena N;Berube H;Dylag M;Emam I;Farne A;Holloway E;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rayner TF;Rezwan F;Sharma A;Williams E;Bradley XZ;Adamusiak T;Brandizi M;Burdett T;Coulson R;Krestyaninova M;Kurnosov P;Maguire E;Neogi SG;Rocca-Serra P;Sansone SA;Sklyar N;Zhao M;Sarkans U;Brazma A
通讯作者：
Brazma A