The predator problem and PCR primers in molecular dietary analysis: Swamped or silenced; depth or breadth?
The predator problem and PCR primers in molecular dietary analysis: Swamped or silenced; depth or breadth?
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DOI：
10.1111/1755-0998.13705
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发表时间：
2023-01
影响因子：
7.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
饮食宏条形码极大地提高了我们分析动物饮食的能力，但它受到诸多技术限制的阻碍，包括由于焦点捕食者的DNA不成比例地扩增而可能导致数据输出减少，在此将其称为“捕食者问题”。我们综述了通常用于克服这一问题的各种方法，从深度测序到在聚合酶链式反应（PCR）过程中排除捕食者DNA，以及它们如何可能干扰日益常见的多捕食者 - 分类群研究。我们认为，强调实现猎物检测深度和广度的多引物方法可能在一定程度上克服这一问题，尽管多分类群研究需要进一步考虑，正如一个实证例子所强调的那样。我们还综述了几种在概念上有前景但需要额外实证检验的降低捕食者DNA普遍性的替代方法。捕食者问题是分子饮食分析的一个关键限制因素，但通过本综述，我们希望能指导研究人员以有效和务实的方式克服这一问题。
Dietary metabarcoding has vastly improved our ability to analyse the diets of animals, but it is hampered by a plethora of technical limitations including potentially reduced data output due to the disproportionate amplification of the DNA of the focal predator, here termed “the predator problem”. We review the various methods commonly used to overcome this problem, from deeper sequencing to exclusion of predator DNA during PCR, and how they may interfere with increasingly common multipredator‐taxon studies. We suggest that multiprimer approaches with an emphasis on achieving both depth and breadth of prey detections may overcome the issue to some extent, although multitaxon studies require further consideration, as highlighted by an empirical example. We also review several alternative methods for reducing the prevalence of predator DNA that are conceptually promising but require additional empirical examination. The predator problem is a key constraint on molecular dietary analyses but, through this synthesis, we hope to guide researchers in overcoming this in an effective and pragmatic way.
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影响因子：
4.8
作者：
通讯作者：
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影响因子：
7.7
作者：
Chua PYS;Crampton-Platt A;Lammers Y;Alsos IG;Boessenkool S;Bohmann K
通讯作者：
Bohmann K
影响因子：
4.9
作者：
Deagle BE;Thomas AC;McInnes JC;Clarke LJ;Vesterinen EJ;Clare EL;Kartzinel TR;Eveson JP
通讯作者：
Eveson JP
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da Silva LP;Mata VA;Lopes PB;Lopes RJ;Beja P
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Drinkwater R;Williamson J;Clare EL;Chung AYC;Rossiter SJ;Slade E
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Slade E