AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets.
AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu531
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发表时间：
2014-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Larsson A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Larsson A
概要：AliView是一个对齐查看器和编辑器，旨在满足下一代测序时代系统发育数据集的要求。AliView以最常用的格式处理无限大小的对齐，即FASTA， philips, Nexus， Clustal和MSF。直观的图形界面可以轻松检查，排序，删除，合并和重新排列序列，作为大型数据集手动过滤过程的一部分。AliView还可以作为小型和大型数据集的易于使用的对齐编辑器。可用性和实现：AliView是GNU通用公共许可证3.0版本（GPLv3）下的开源软件，可在GitHub （www.github.com/AliView）获得。该程序是跨平台的，并在Linux， Mac OS X和Windows系统上进行了广泛的测试。下载和帮助可在http://ormbunkar.se/aliview联系：anders.larsson@ebc.uu.se补充信息：补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Summary: AliView is an alignment viewer and editor designed to meet the requirements of next-generation sequencing era phylogenetic datasets. AliView handles alignments of unlimited size in the formats most commonly used, i.e. FASTA, Phylip, Nexus, Clustal and MSF. The intuitive graphical interface makes it easy to inspect, sort, delete, merge and realign sequences as part of the manual filtering process of large datasets. AliView also works as an easy-to-use alignment editor for small as well as large datasets. Availability and implementation: AliView is released as open-source software under the GNU General Public License, version 3.0 (GPLv3), and is available at GitHub (www.github.com/AliView). The program is cross-platform and extensively tested on Linux, Mac OS X and Windows systems. Downloads and help are available at http://ormbunkar.se/aliview Contact: anders.larsson@ebc.uu.se Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
5.8
作者：
Waterhouse, Andrew M.;Procter, James B.;Barton, Geoffrey J.
通讯作者：
Barton, Geoffrey J.
影响因子：
5.8
作者：
Larkin, M. A.;Blackshields, G.;Higgins, D. G.
通讯作者：
Higgins, D. G.
影响因子：
5.8
作者：
Kämpke, T;Kieninger, M;Mecklenburg, M
通讯作者：
Mecklenburg, M
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp352
发表时间：
2009-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Handsaker B;Wysoker A;Fennell T;Ruan J;Homer N;Marth G;Abecasis G;Durbin R;1000 Genome Project Data Processing Subgroup
通讯作者：
1000 Genome Project Data Processing Subgroup
影响因子：
3.7
作者：
Rothfels CJ;Larsson A;Li FW;Sigel EM;Huiet L;Burge DO;Ruhsam M;Graham SW;Stevenson DW;Wong GK;Korall P;Pryer KM
通讯作者：
Pryer KM