An Algorithm for Generating Small RNAs Capable of Epigenetically Modulating Transcriptional Gene Silencing and Activation in Human Cells.
An Algorithm for Generating Small RNAs Capable of Epigenetically Modulating Transcriptional Gene Silencing and Activation in Human Cells.
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DOI：
10.1038/mtna.2013.33
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发表时间：
2013-07-09
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小的非编码反义RNA（sasRNA）引导表观遗传沉默复合物靶向人类细胞中的基因位点并调节基因转录。当这些靶向基因座位于启动子内时，可以发生转录的长期、稳定的表观遗传沉默。最近的研究表明，在人类细胞中存在一种内源形式的这种表观遗传调控，涉及长的非编码RNA。在这篇文章中，我们提出并验证了一种算法，用于产生高效的sasRNA，可以模拟参与基因表达的表观遗传调控的内源性非编码RNA。我们通过靶向包括AKT-1、c-MYC、K-RAS和H-RAS在内的几种癌基因来验证该算法。我们还靶向了一个长的反义RNA，它介导了胰腺癌中沉默的肿瘤抑制基因DUSP 6的表观遗传抑制。一个算法，可以有效地设计小的非编码RNA的表观遗传转录沉默或激活特定的基因具有潜在的治疗和实验应用。
Small noncoding antisense RNAs (sasRNAs) guide epigenetic silencing complexes to target loci in human cells and modulate gene transcription. When these targeted loci are situated within a promoter, long-term, stable epigenetic silencing of transcription can occur. Recent studies suggest that there exists an endogenous form of such epigenetic regulation in human cells involving long noncoding RNAs. In this article, we present and validate an algorithm for the generation of highly effective sasRNAs that can mimic the endogenous noncoding RNAs involved in the epigenetic regulation of gene expression. We validate this algorithm by targeting several oncogenes including AKT-1, c-MYC, K-RAS, and H-RAS. We also target a long antisense RNA that mediates the epigenetic repression of the tumor suppressor gene DUSP6, silenced in pancreatic cancer. An algorithm that can efficiently design small noncoding RNAs for the epigenetic transcriptional silencing or activation of specific genes has potential therapeutic and experimental applications.
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Numata K;Osada Y;Okada Y;Saito R;Hiraiwa N;Nakaoka H;Yamamoto N;Watanabe K;Okubo K;Kohama C;Kanai A;Abe K;Kiyosawa H
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