InParanoid 8: orthology analysis between 273 proteomes, mostly eukaryotic.
InParanoid 8: orthology analysis between 273 proteomes, mostly eukaryotic.
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DOI：
10.1093/nar/gku1203
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Östlund G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sonnhammer EL;Östlund G
InParanoid数据库（http：InParanoid.sbc.su.se）提供了一个用户界面，用于通过InParanoid算法推断直系同源物。由于现在国际上正在努力策划和标准化完整的蛋白质组，我们已经转向使用这些资源，而不是自己收集和策划蛋白质组。InParanoid第8版是基于66个参考蛋白质组，“Quest for Orthologs”社区已经同意使用，加上207个来自UniProt完整蛋白质组的额外蛋白质组-总共273个物种。这些代表了246种真核生物，20种细菌和7种古细菌。与上一版本相比，这增加了173%的物种数量和650%的成对物种比较数量。反过来，直系同源群的数量增加了423%。我们介绍了InParanoid 8的内容和用法，并详细分析了自上一个版本以来蛋白质组内容的变化。
The InParanoid database (http://InParanoid.sbc.su.se) provides a user interface to orthologs inferred by the InParanoid algorithm. As there are now international efforts to curate and standardize complete proteomes, we have switched to using these resources rather than gathering and curating the proteomes ourselves. InParanoid release 8 is based on the 66 reference proteomes that the ‘Quest for Orthologs’ community has agreed on using, plus 207 additional proteomes from the UniProt complete proteomes—in total 273 species. These represent 246 eukaryotes, 20 bacteria and seven archaea. Compared to the previous release, this increases the number of species by 173% and the number of pairwise species comparisons by 650%. In turn, the number of ortholog groups has increased by 423%. We present the contents and usages of InParanoid 8, and a detailed analysis of how the proteome content has changed since the previous release.
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影响因子：
3
作者：
Woods JO;Singh-Blom UM;Laurent JM;McGary KL;Marcotte EM
通讯作者：
Marcotte EM
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4.3
作者：
Altenhoff, Adrian M.;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
非par体6：具有内核的真核直系同源群。
影响因子：
14.9
作者：
Berglund AC;Sjölund E;Ostlund G;Sonnhammer EL
通讯作者：
Sonnhammer EL
影响因子：
14.9
作者：
Schmitt T;Ogris C;Sonnhammer EL
通讯作者：
Sonnhammer EL
DOI：
10.2307/2412448
发表时间：
1970-01-01
期刊：
SYSTEMATIC ZOOLOGY
影响因子：
--
作者：
FITCH, WM
通讯作者：
FITCH, WM