Mechanisms that specify promoter nucleosome location and identity.
Mechanisms that specify promoter nucleosome location and identity.
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DOI：
10.1016/j.cell.2009.02.043
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发表时间：
2009-05-01
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Madhani HD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hartley PD;Madhani HD
真核基因启动子的染色质结构通常以侧接至少一个H2A.Z变体核小体的无核小体区（NFR）为特征。基于DNA-组蛋白相互作用的热力学性质的核小体位置的计算预测已经取得了有限的成功。在这里，我们表明，在S。酿酒酵母有助于解释理论和实验之间的差异。在RSC耗尽的细胞中，NFR收缩，使得侧翼核小体的平均位置朝向预测位点移动。核小体定位在不同的启动子亚群还需要必需的Myb家族蛋白Abf 1和Reb 1，其结合位点富含NFR。相比之下，H2A.Z沉积对于核小体定位是不必要的。通过使用类固醇诱导蛋白质剪接策略调节H2A.Z沉积，我们表明NFR的建立是H2A.Z沉积所必需的。这些研究表明启动子染色质结构组装的有序途径。
The chromatin architecture of eukaryotic gene promoters is generally characterized by a nucleosome-free region (NFR) flanked by at least one H2A.Z variant nucleosome. Computational predictions of nucleosome positions based on thermodynamic properties of DNA-histone interactions have met with limited success. Here we show that the action of the essential RSC remodeling complex in S. cerevisiae helps explain the discrepancy between theory and experiment. In RSC-depleted cells, NFRs shrink such that the average positions of flanking nucleosomes move toward predicted sites. Nucleosome positioning at distinct subsets of promoters additionally requires the essential Myb family proteins Abf1 and Reb1, whose binding sites are enriched in NFRs. In contrast, H2A.Z deposition is dispensable for nucleosome positioning. By regulating H2A.Z deposition using a steroid-inducible protein splicing strategy, we show that NFR establishment is necessary for H2A.Z deposition. These studies suggest an ordered pathway for the assembly of promoter chromatin architecture.
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