PCRTiler: automated design of tiled and specific PCR primer pairs.
PCRTiler: automated design of tiled and specific PCR primer pairs.
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DOI：
10.1093/nar/gkq485
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gaudreau L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gervais AL;Marques M;Gaudreau L
PCR扩增的效率和特异性取决于几个参数，例如扩增子长度，以及引物寡核苷酸的杂交特异性和解链温度。因此，引物设计对于PCR实验的成功至关重要，但可能是耗时且重复的任务，例如当通过染色质免疫沉淀实验扫描大的基因组区域以确定感兴趣的蛋白质的存在时。我们在这里提出了一个网络服务器，允许自动化设计的平铺引物对的任何数量的基因组位点。PCRTiler将靶DNA序列分成更小的区域，并通过运行众所周知的程序Primer3识别每个亚区域的候选引物，然后通过BLAST消除具有高交叉杂交潜力的引物。用户可通过简单且友好的界面指定铺贴密度和底漆特性。可通过http://pcrtiler.alaingervais.org:8080/PCRTiler访问网络服务器。此外，用户可以下载该软件的独立的基于Java的实现。PCRTiler的实验验证表明，它产生正确的结果。我们已经平铺了人类基因组的一个区域，其中123个引物对中的96个在第一次尝试中起作用，并且通过优化PCR测定的条件可以使123个中的105个（85%）起作用。
Efficiency and specificity of PCR amplification is dependent on several parameters, such as amplicon length, as well as hybridization specificity and melting temperature of primer oligonucleotides. Primer design is thus of critical importance for the success of PCR experiments, but can be a time-consuming and repetitive task, for example when large genomic regions are to be scanned for the presence of a protein of interest by chromatin immunoprecipitation experiments. We present here a webserver that allows the automated design of tiled primer pairs for any number of genomic loci. PCRTiler splits the target DNA sequences into smaller regions, and identifies candidate primers for each sub-region by running the well-known program Primer3 followed by the elimination of primers with a high cross-hybridization potential via BLAST. Tiling density and primer characteristics are specified by the user via a simple and user-friendly interface. The webserver can be accessed at http://pcrtiler.alaingervais.org:8080/PCRTiler. Additionally, users may download a standalone Java-based implementation of this software. Experimental validation of PCRTiler has demonstrated that it produces correct results. We have tiled a region of the human genome, in which 96 of 123 primer pairs worked in the first attempt, and 105 of 123 (85%) could be made to work by optimizing the conditions of the PCR assay.
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影响因子：
3
作者：
You FM;Huo N;Gu YQ;Luo MC;Ma Y;Hane D;Lazo GR;Dvorak J;Anderson OD
通讯作者：
Anderson OD
影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
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Sayers EW
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作者：
Yao, Fengxia;Zhang, Ruifang;Liu, Chunyu
通讯作者：
Liu, Chunyu
影响因子：
14.9
作者：
Johnson, Mark;Zaretskaya, Irena;Raytselis, Yan;Merezhuk, Yuri;McGinnis, Scott;Madden, Thomas L.
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Madden, Thomas L.
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5.6
作者：
ALTSCHUL, SF;GISH, W;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ