CDD: a Conserved Domain Database for protein classification.
CDD: a Conserved Domain Database for protein classification.
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DOI：
10.1093/nar/gki069
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bryant SH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Marchler-Bauer A;Anderson JB;Cherukuri PF;DeWeese-Scott C;Geer LY;Gwadz M;He S;Hurwitz DI;Jackson JD;Ke Z;Lanczycki CJ;Liebert CA;Liu C;Lu F;Marchler GH;Mullokandov M;Shoemaker BA;Simonyan V;Song JS;Thiessen PA;Yamashita RA;Yin JJ;Zhang D;Bryant SH
保守域数据库 (CDD) 是 NCBI Entrez 查询和检索系统的蛋白质分类组件。 CDD 链接到其他 Entrez 数据库，例如 Proteins、Taxonomy 和 PubMed®，可以通过 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=cdd 访问。 CD-Search（可从 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi 获取）是一种快速的交互式工具，用于识别新蛋白质序列中的保守结构域。 Entrez 中蛋白质序列的 CD 搜索结果经过预先计算，以提供蛋白质和域模型之间的链接，并根据要求提供可见的计算注释。默认情况下，提交到 NCBI BLAST 搜索服务（网址为 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST）的蛋白质-蛋白质查询会被扫描是否存在保守域。虽然 CDD 最初本质上是公开可用的域对齐集合（例如 SMART、Pfam 和 COG）的镜像，但我们仍在继续努力更新，并在某些情况下用 NCBI 策划的域层次结构替换这些模型。在此，我们报告策展工作的进展以及 CDD 信息检索系统功能的相关改进。
The Conserved Domain Database (CDD) is the protein classification component of NCBI's Entrez query and retrieval system. CDD is linked to other Entrez databases such as Proteins, Taxonomy and PubMed®, and can be accessed at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=cdd. CD-Search, which is available at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi, is a fast, interactive tool to identify conserved domains in new protein sequences. CD-Search results for protein sequences in Entrez are pre-computed to provide links between proteins and domain models, and computational annotation visible upon request. Protein–protein queries submitted to NCBI's BLAST search service at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST are scanned for the presence of conserved domains by default. While CDD started out as essentially a mirror of publicly available domain alignment collections, such as SMART, Pfam and COG, we have continued an effort to update, and in some cases replace these models with domain hierarchies curated at the NCBI. Here, we report on the progress of the curation effort and associated improvements in the functionality of the CDD information retrieval system.
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影响因子：
14.9
作者：
Wheeler DL;Church DM;Edgar R;Federhen S;Helmberg W;Madden TL;Pontius JU;Schuler GD;Schriml LM;Sequeira E;Suzek TO;Tatusova TA;Wagner L
通讯作者：
Wagner L
影响因子：
13.8
作者：
Wang, YL;Geer, LY;Bryant, SH
通讯作者：
Bryant, SH
影响因子：
14.9
作者：
Marchler-Bauer, A;Bryant, SH
通讯作者：
Bryant, SH
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2.9
作者：
Marchler-Bauer, A;Panchenko, AR;Bryant, SH
通讯作者：
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7
作者：
Geer, LY;Domrachev, M;Bryant, SH
通讯作者：
Bryant, SH