mRNA expression, splicing and editing in the embryonic and adult mouse cerebral cortex.
mRNA expression, splicing and editing in the embryonic and adult mouse cerebral cortex.
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DOI：
10.1038/nn.3332
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发表时间：
2013-04
影响因子：
25
通讯作者：
Cookson, Mark R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dillman, Allissa A.;Hauser, David N.;Gibbs, J. Raphael;Nalls, Michael A.;McCoy, Melissa K.;Rudenko, Iakov N.;Galter, Dagmar;Cookson, Mark R.
成人大脑的复杂性是发育过程和经验依赖性回路形成的结果。研究胚胎和成人大脑之间差异的一种方法是检查基因表达。以前的研究已经使用微阵列以全球方式解决这个问题。然而，转录组比单独的基因表达水平更复杂，因为可变剪接和RNA编辑产生一组不同的成熟转录物。在这里，我们使用RNA测序（RNA-Seq）开发了胚胎和成年阶段小鼠大脑皮层的高分辨率转录组数据集。我们发现胚胎和成人大脑皮层在基因表达、剪接和RNA编辑方面存在许多差异。每个数据集都经过了技术和生物学验证，在每种情况下，我们发现我们的RNA-Seq观察结果都具有预测有效性。我们建议这个数据集和分析是一个有用的资源，了解基因表达在胚胎和成人大脑皮层。
The complexity of the adult brain is a result of both developmental processes and experience-dependent circuit formation. One way to look at the differences between embryonic and adult brain is to examine gene expression. Previous studies have used microarrays to address this in a global manner. However, the transcriptome is more complex than gene expression levels alone, as alternative splicing and RNA editing generate a diverse set of mature transcripts. Here, we developed a high-resolution transcriptome dataset of mouse cerebral cortex at embryonic and adult stages using RNA sequencing (RNA-Seq). We found many differences in gene expression, splicing and RNA editing between embryonic and adult cerebral cortex. Each dataset was validated technically and biologically, and in each case we found our RNA-Seq observations to have predictive validity. We propose this dataset and analysis to be a helpful resource for understanding gene expression in the embryonic and adult cerebral cortex.
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影响因子：
12.3
作者：
McKee AE;Neretti N;Carvalho LE;Meyer CA;Fox EA;Brodsky AS;Silver PA
通讯作者：
Silver PA
DOI：
10.1126/science.1207018
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Li M;Wang IX;Li Y;Bruzel A;Richards AL;Toung JM;Cheung VG
通讯作者：
Cheung VG
影响因子：
16.6
作者：
Nishikura K
通讯作者：
Nishikura K
影响因子：
64.8
作者：
Higuchi, M;Stefan, M;Seeburg, PH
通讯作者：
Seeburg, PH
影响因子：
14.9
作者：
Huang, Da Wei;Sherman, Brad T.;Lempicki, Richard A.
通讯作者：
Lempicki, Richard A.