Ori-Finder 2, an integrated tool to predict replication origins in the archaeal genomes.
Ori-Finder 2, an integrated tool to predict replication origins in the archaeal genomes.
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DOI：
10.3389/fmicb.2014.00482
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发表时间：
2014
影响因子：
5.2
通讯作者：
Gao F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo H;Zhang CT;Gao F
DNA复制是细胞生命所有三个领域中最基本的过程之一。随着后基因组时代的到来，越来越多的完整的古细菌基因组创造了一个机会，探索启动细胞DNA复制的分子机制，在体内实验，以及在硅片分析。然而，许多已测序的古细菌基因组中复制起点（oriCs）的位置仍然未知。我们提出了一个基于Web的工具Ori-Rector 2来自动预测古细菌基因组中的oriCs，基于集成的方法，包括使用Z曲线方法分析碱基组成不对称性，FIMO工具识别的起源识别盒的分布，以及经常接近oriCs的基因的出现。Web服务器还能够通过与基因预测管道和BLAST软件集成来分析未注释的基因组序列，用于基因识别和功能注释。预测的oriC结果显示为HTML表格，这提供了一种直观的方式来浏览图形和表格形式的结果。这里介绍的软件对于具有单个oriC的基因组是准确的，但它不一定能找到具有多个oriC的基因组的所有复制起点。Ori-RP 2旨在成为古细菌基因组中oriCs的鉴定和分析的有用平台，这将为了解古细菌的复制机制提供帮助。Web服务器可在http://tubic.tju.edu.cn/Ori-Finder2/上免费获得。
DNA replication is one of the most basic processes in all three domains of cellular life. With the advent of the post-genomic era, the increasing number of complete archaeal genomes has created an opportunity for exploration of the molecular mechanisms for initiating cellular DNA replication by in vivo experiments as well as in silico analysis. However, the location of replication origins (oriCs) in many sequenced archaeal genomes remains unknown. We present a web-based tool Ori-Finder 2 to predict oriCs in the archaeal genomes automatically, based on the integrated method comprising the analysis of base composition asymmetry using the Z-curve method, the distribution of origin recognition boxes identified by FIMO tool, and the occurrence of genes frequently close to oriCs. The web server is also able to analyze the unannotated genome sequences by integrating with gene prediction pipelines and BLAST software for gene identification and function annotation. The result of the predicted oriCs is displayed as an HTML table, which offers an intuitive way to browse the result in graphical and tabular form. The software presented here is accurate for the genomes with single oriC, but it does not necessarily find all the origins of replication for the genomes with multiple oriCs. Ori-Finder 2 aims to become a useful platform for the identification and analysis of oriCs in the archaeal genomes, which would provide insight into the replication mechanisms in archaea. The web server is freely available at http://tubic.tju.edu.cn/Ori-Finder2/.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
56.9
作者：
Myllykallio, H;Lopez, P;Forterre, P
通讯作者：
Forterre, P
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
盐古菌中多个 orc/cdc6 相邻复制起点的多样性和进化。
影响因子：
4.4
作者：
Wu Z;Liu H;Liu J;Liu X;Xiang H
通讯作者：
Xiang H