ISA API: An open platform for interoperable life science experimental metadata.
ISA API: An open platform for interoperable life science experimental metadata.
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DOI：
10.1093/gigascience/giab060
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发表时间：
2021-09-16
期刊：
影响因子：
9.2
通讯作者：
Rocca-Serra P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Johnson D;Batista D;Cochrane K;Davey RP;Etuk A;Gonzalez-Beltran A;Haug K;Izzo M;Larralde M;Lawson TN;Minotto A;Moreno P;Nainala VC;O'Donovan C;Pireddu L;Roger P;Shaw F;Steinbeck C;Weber RJM;Sansone SA;Rocca-Serra P
调查/研究/分析(ISA)元数据框架是一套成熟且广泛使用的开源社区规范和软件工具，用于发现、交换和发布来自生命科学实验的元数据。最初的ISA软件套件提供了一套面向用户的Java工具，用于创建和处理以ISA-Tab格式组织的信息--ISA-Tab是一种现在广泛使用的表格格式。为了使机器更容易访问ISA框架并实现对实验元数据的程序化操作，开发了JSON序列化ISA-JSON。在这项工作中，我们介绍了ISA API，这是一个用于创建、编辑、解析和验证ISA-Tab和ISA-JSON格式的Python库，它使用一个公共数据模型设计为Python对象类。我们将介绍ISA API功能集、早期采用者及其不断增长的用户社区。ISA API为用户提供了丰富的程序性元数据处理功能，以支持两种ISA格式之间的自动化、公共接口和可互操作的媒介，以及在公共数据库中存储数据所需的其他生命科学数据格式。
The Investigation/Study/Assay (ISA) Metadata Framework is an established and widely used set of open source community specifications and software tools for enabling discovery, exchange, and publication of metadata from experiments in the life sciences. The original ISA software suite provided a set of user-facing Java tools for creating and manipulating the information structured in ISA-Tab—a now widely used tabular format. To make the ISA framework more accessible to machines and enable programmatic manipulation of experiment metadata, the JSON serialization ISA-JSON was developed. In this work, we present the ISA API, a Python library for the creation, editing, parsing, and validating of ISA-Tab and ISA-JSON formats by using a common data model engineered as Python object classes. We describe the ISA API feature set, early adopters, and its growing user community. The ISA API provides users with rich programmatic metadata-handling functionality to support automation, a common interface, and an interoperable medium between the 2 ISA formats, as well as with other life science data formats required for depositing data in public databases.
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影响因子：
5.8
作者：
Brandizi, Marco;Kurbatova, Natalja;Rocca-Serra, Philippe
通讯作者：
Rocca-Serra, Philippe
影响因子：
14.9
作者：
Amid, Clara;Alako, Blaise T. F.;Cochrane, Guy
通讯作者：
Cochrane, Guy
影响因子：
14.9
作者：
Athar A;Füllgrabe A;George N;Iqbal H;Huerta L;Ali A;Snow C;Fonseca NA;Petryszak R;Papatheodorou I;Sarkans U;Brazma A
通讯作者：
Brazma A
影响因子：
5.1
作者：
Ćwiek-Kupczyńska H;Altmann T;Arend D;Arnaud E;Chen D;Cornut G;Fiorani F;Frohmberg W;Junker A;Klukas C;Lange M;Mazurek C;Nafissi A;Neveu P;van Oeveren J;Pommier C;Poorter H;Rocca-Serra P;Sansone SA;Scholz U;van Schriek M;Seren Ü;Usadel B;Weise S;Kersey P;Krajewski P
通讯作者：
Krajewski P
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu813
发表时间：
2015-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Giacomoni F;Le Corguillé G;Monsoor M;Landi M;Pericard P;Pétéra M;Duperier C;Tremblay-Franco M;Martin JF;Jacob D;Goulitquer S;Thévenot EA;Caron C
通讯作者：
Caron C