Integrative modeling defines the Nova splicing-regulatory network and its combinatorial controls.
Integrative modeling defines the Nova splicing-regulatory network and its combinatorial controls.
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集成建模定义了NOVA剪接调节网络及其组合控制。
DOI：
10.1126/science.1191150
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发表时间：
2010-07-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Darnell RB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang C;Frias MA;Mele A;Ruggiu M;Eom T;Marney CB;Wang H;Licatalosi DD;Fak JJ;Darnell RB
RNA选择性剪接的控制对于产生生物多样性至关重要。尽管出现了研究RNA复杂性的全基因组技术，但可靠和全面的RNA调控网络尚未确定。在这里，我们使用贝叶斯网络对不同的数据集进行概率建模，并预测特定监管机构的目标网络。我们应用这一策略，以确定约700个选择性剪接事件直接调节的神经元特异性因子新星在小鼠大脑中，整合RNA结合数据，剪接微阵列数据，新星结合基序，和进化的签名。由此产生的整合网络揭示了Nova和神经元剪接因子Fox的组合调节，磷酸化和剪接之间的相互作用，以及与神经系统疾病的潜在联系。因此，我们已经开发了一个通用的方法来理解哺乳动物RNA调控系统水平。
The control of RNA alternative splicing is critical for generating biological diversity. Despite emerging genome-wide technologies to study RNA complexity, reliable and comprehensive RNA-regulatory networks have not been defined. Here we used Bayesian networks to probabilistically model diverse datasets and predict the target networks of specific regulators. We applied this strategy to identify ~700 alternative splicing events directly regulated by the neuron-specific factor Nova in the mouse brain, integrating RNA-binding data, splicing microarray data, Nova-binding motifs, and evolutionary signatures. The resulting integrative network revealed combinatorial regulation by Nova and the neuronal splicing factor Fox, interplay between phosphorylation and splicing, and potential links to neurologic disease. Thus we have developed a general approach to understanding mammalian RNA regulation at the systems level.
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作者：
Cooper TA;Wan L;Dreyfuss G
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Xue Y;Zhou Y;Wu T;Zhu T;Ji X;Kwon YS;Zhang C;Yeo G;Black DL;Sun H;Fu XD;Zhang Y
通讯作者：
Zhang Y
DOI：
10.1002/ajmg.b.30530
发表时间：
2007-10-05
影响因子：
2.8
作者：
Martin, Christa Lese;Duvall, Jacqueline A.;Geschwind, Daniel H.
通讯作者：
Geschwind, Daniel H.