Computer identification of snoRNA genes using a Mammalian Orthologous Intron Database.
Computer identification of snoRNA genes using a Mammalian Orthologous Intron Database.
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DOI：
10.1093/nar/gki754
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发表时间：
2005
影响因子：
14.9
通讯作者：
Shepelev, V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fedorov, A;Stombaugh, J;Harr, MW;Yu, SH;Nasalean, L;Shepelev, V
基于比较基因组学，我们创建了一个生物信息学软件包，用于计算机预测哺乳动物内含子中的小核仁 RNA (snoRNA) 基因。我们方法的核心是使用哺乳动物直系同源内含子数据库（MOID），其中包含人类、小鼠和大鼠基因组中所有已知的内含子。来自这三个物种的直系同源基因的内含子，相对于阅读框具有相同的位置，被分组在特殊的直系同源内含子表中。我们的程序 SNO.pl 搜索 MOID 内保守的 snoRNA 基序，并报告当人类、小鼠和大鼠序列的所有三个直系同源内含子中存在特征性 snoRNA 样结构时的所有情况。在这里，我们报告了 SNO.pl 用于搜索保守 C/D-box snoRNA 基序的特定模式（规范的 C-和 D-box 以及 6 nt 长末端茎）的示例。在这项计算机分析中，我们在三种哺乳动物中检测到了 57 个三联体 snoRNA 样结构。其中有 15 个三联体代表已知的 C/D-box snoRNA 基因。六个三联体代表 snoRNA 基因，这些基因在小鼠基因组中仅得到部分表征。一个案例代表一种新的 snoRNA 基因，另外三个案例代表推定的 snoRNA。我们的程序是公开可用的，可以很容易地进行调整和/或修改，以搜索哺乳动物内含子内的任何保守基序。
Based on comparative genomics, we created a bioinformatic package for computer prediction of small nucleolar RNA (snoRNA) genes in mammalian introns. The core of our approach was the use of the Mammalian Orthologous Intron Database (MOID), which contains all known introns within the human, mouse and rat genomes. Introns from orthologous genes from these three species, that have the same position relative to the reading frame, are grouped in a special orthologous intron table. Our program SNO.pl searches for conserved snoRNA motifs within MOID and reports all cases when characteristic snoRNA-like structures are present in all three orthologous introns of human, mouse and rat sequences. Here we report an example of the SNO.pl usage for searching a particular pattern of conserved C/D-box snoRNA motifs (canonical C- and D-boxes and the 6 nt long terminal stem). In this computer analysis, we detected 57 triplets of snoRNA-like structures in three mammals. Among them were 15 triplets that represented known C/D-box snoRNA genes. Six triplets represented snoRNA genes that had only been partially characterized in the mouse genome. One case represented a novel snoRNA gene, and another three cases, putative snoRNAs. Our programs are publicly available and can be easily adapted and/or modified for searching any conserved motifs within mammalian introns.
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影响因子：
7
作者：
Fedorov, A;Roy, S;Gilbert, W
通讯作者：
Gilbert, W
DOI：
10.1038/nsb905
发表时间：
2003-04-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Aittaleb, M;Rashid, R;Li, H
通讯作者：
Li, H
DOI：
10.1073/pnas.250426397
发表时间：
2000-12-19
影响因子：
11.1
作者：
Cavaillé, J;Buiting, K;Hüttenhofer, A
通讯作者：
Hüttenhofer, A
影响因子：
14.9
作者：
Saxonov, S;Daizadeh, I;Gilbert, W
通讯作者：
Gilbert, W
影响因子：
14.9
作者：
Schattner, P;Decatur, WA;Lowe, TM
通讯作者：
Lowe, TM