The sequence and de novo assembly of the giant panda genome.
The sequence and de novo assembly of the giant panda genome.
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大熊猫基因组的序列和从头组装
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仅使用下一代测序技术，我们就成功地生成并组装了大熊猫基因组的草图序列。组装的重叠群（2.25千兆字节（Gb））覆盖了整个基因组的约94%，其余的差距（0.05 Gb）似乎包含食肉动物特异性重复和串联重复。与狗和人类的比较表明，熊猫基因组具有较低的分歧率。对熊猫基因的评估可能是其一些独特特征的基础，这表明其竹子饮食可能更依赖于其肠道微生物组，而不是其自身的遗传组成。我们还在二倍体基因组中鉴定了超过270万个杂合单核苷酸多态性。我们的数据和分析为促进哺乳动物遗传研究提供了基础，并证明了使用下一代测序技术进行大真核基因组的准确，成本效益和快速从头组装的可行性。
Using next-generation sequencing technology alone, we have successfully generated and assembled a draft sequence of the giant panda genome. The assembled contigs (2.25 gigabases (Gb)) cover approximately 94% of the whole genome, and the remaining gaps (0.05 Gb) seem to contain carnivore-specific repeats and tandem repeats. Comparisons with the dog and human showed that the panda genome has a lower divergence rate. The assessment of panda genes potentially underlying some of its unique traits indicated that its bamboo diet might be more dependent on its gut microbiome than its own genetic composition. We also identified more than 2.7 million heterozygous single nucleotide polymorphisms in the diploid genome. Our data and analyses provide a foundation for promoting mammalian genetic research, and demonstrate the feasibility for using next-generation sequencing technologies for accurate, cost-effective and rapid de novo assembly of large eukaryotic genomes.
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