An expression atlas of human primary cells: inference of gene function from coexpression networks.
An expression atlas of human primary cells: inference of gene function from coexpression networks.
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DOI：
10.1186/1471-2164-14-632
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发表时间：
2013-09-20
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Hume DA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mabbott NA;Baillie JK;Brown H;Freeman TC;Hume DA
哺乳动物细胞在时间和空间上的特化需要与特定途径和功能相关的基因协调表达。在这里，我们结合了大量公开的、来自人类原代细胞的微阵列数据集，并分析了这些数据的大型相关图谱。
通过使用网络分析工具 BioLayout Express3D，我们确定了在各种细胞系中表达的基因之间的强相关性。我们讨论了其中一些关联的生物学意义，特别是关键转录因子与它们可能控制的基因的共表达。
我们考虑了人类原代细胞，特别是人类单核吞噬细胞系统中基因的调控。特别值得注意的是，这些数据并不支持抗原递呈树突状细胞假定标记的身份，也不支持 M1 和 M2 激活状态的分类，而这正是目前免疫学领域争论的一个话题。我们在 BioGPS 网站（http://biogps.org/dataset/2429/primary-cell-atlas/）和 macrophages.com 网站（http://www.macrophages.com/hu-cell-atlas）上提供了这一数据资源。
The specialisation of mammalian cells in time and space requires genes associated with specific pathways and functions to be co-ordinately expressed. Here we have combined a large number of publically available microarray datasets derived from human primary cells and analysed large correlation graphs of these data. Using the network analysis tool BioLayout Express3D we identify robust co-associations of genes expressed in a wide variety of cell lineages. We discuss the biological significance of a number of these associations, in particular the coexpression of key transcription factors with the genes that they are likely to control. We consider the regulation of genes in human primary cells and specifically in the human mononuclear phagocyte system. Of particular note is the fact that these data do not support the identity of putative markers of antigen-presenting dendritic cells, nor classification of M1 and M2 activation states, a current subject of debate within immunological field. We have provided this data resource on the BioGPS web site (http://biogps.org/dataset/2429/primary-cell-atlas/) and on macrophages.com (http://www.macrophages.com/hu-cell-atlas).
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
5.4
作者：
Freeman TC;Ivens A;Baillie JK;Beraldi D;Barnett MW;Dorward D;Downing A;Fairbairn L;Kapetanovic R;Raza S;Tomoiu A;Alberio R;Wu C;Su AI;Summers KM;Tuggle CK;Archibald AL;Hume DA
通讯作者：
Hume DA
影响因子：
2.5
作者：
Abler, Lisa L.;Keil, Kimberly P.;Mehta, Vatsal;Joshi, Pinak S.;Schmitz, Christopher T.;Vezina, Chad M.
通讯作者：
Vezina, Chad M.
影响因子：
30.5
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.5
作者：
Henry, Alex M.;Hohmann, John G.
通讯作者：
Hohmann, John G.