xVis: a web server for the schematic visualization and interpretation of crosslink-derived spatial restraints.
xVis: a web server for the schematic visualization and interpretation of crosslink-derived spatial restraints.
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DOI：
10.1093/nar/gkv463
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Herzog F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grimm M;Zimniak T;Kahraman A;Herzog F
质谱法鉴定交联已成为蛋白质复合物和蛋白质网络杂化结构分析的重要组成部分。交联分析确定了两个共价连接的氨基酸之间的距离限制，通常以表格形式总结，排除了拓扑数据的直接和全面解释。xVis以圆形、条形或网状图的形式以清晰的原理图形式显示交联。交互图显示了连锁位点和鉴定分数，描述了结构和功能注释的蛋白质区域的空间接近性以及氨基酸的进化保守性，并根据交联密度促进蛋白质聚类成亚复合物。此外，xVis为交联鉴定的定性评估提供了两种选择，一种是根据鉴定分数或错误发现率过滤交联，另一种是显示每个交联的相应片段离子谱，用于手动验证质谱数据。我们的web服务器提供了一个易于使用的工具，用于快速拓扑和功能解释蛋白质复合物结构的距离信息，并用于评估交联片段离子光谱。xVis在知识共享署名-相同方式共享4.0国际许可协议下可在http://xvis.genzentrum.lmu.de/获得。
The identification of crosslinks by mass spectrometry has recently been established as an integral part of the hybrid structural analysis of protein complexes and networks. The crosslinking analysis determines distance restraints between two covalently linked amino acids which are typically summarized in a table format that precludes the immediate and comprehensive interpretation of the topological data. xVis displays crosslinks in clear schematic representations in form of a circular, bar or network diagram. The interactive graphs indicate the linkage sites and identification scores, depict the spatial proximity of structurally and functionally annotated protein regions and the evolutionary conservation of amino acids and facilitate clustering of proteins into subcomplexes according to the crosslink density. Furthermore, xVis offers two options for the qualitative assessment of the crosslink identifications by filtering crosslinks according to identification scores or false discovery rates and by displaying the corresponding fragment ion spectrum of each crosslink for the manual validation of the mass spectrometric data. Our web server provides an easy-to-use tool for the fast topological and functional interpretation of distance information on protein complex architectures and for the evaluation of crosslink fragment ion spectra. xVis is available under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International license at http://xvis.genzentrum.lmu.de/.
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影响因子：
5.8
作者：
Glaser, F;Pupko, T;Ben-Tal, N
通讯作者：
Ben-Tal, N
影响因子：
7
作者：
Forne, Ignasi;Ludwigsen, Johanna;Mueller-Planitz, Felix
通讯作者：
Mueller-Planitz, Felix
影响因子：
2
作者：
Krauth, Fabian;Ihling, Christian H.;Sinz, Andrea
通讯作者：
Sinz, Andrea
DOI：
10.1073/pnas.1320298111
发表时间：
2014-07-01
影响因子：
11.1
作者：
Leitner, Alexander;Joachimiak, Lukasz A.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
2009年欧洲生物信息学研究所的Web服务。
影响因子：
14.9
作者：
McWilliam H;Valentin F;Goujon M;Li W;Narayanasamy M;Martin J;Miyar T;Lopez R
通讯作者：
Lopez R