Web services at the European Bioinformatics Institute-2009.
Web services at the European Bioinformatics Institute-2009.
复制标题
2009年欧洲生物信息学研究所的Web服务。
DOI：
10.1093/nar/gkp302
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lopez R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McWilliam H;Valentin F;Goujon M;Li W;Narayanasamy M;Martin J;Miyar T;Lopez R
欧洲生物信息学研究所（EMBL - EBI）自1997年以来一直提供对生物信息学主流数据库和工具的访问。除了传统的基于网络表单的界面外，对于诸如欧洲核酸序列数据库（EMBL - Bank）、ENSEMBL、通用蛋白质资源数据库（UniProt）、蛋白质家族数据库（InterPro）、蛋白质数据库（PDB）和基因表达数据库（ArrayExpress）等核心数据资源也存在应用程序编程接口（APIs）。这些应用程序编程接口基于网络服务（简单对象访问协议/表述性状态转移，即SOAP/REST）接口，允许用户系统地访问数据库和分析工具。从用户的角度来看，这些网络服务提供了与基于浏览器的表单相同的功能。然而，使用应用程序编程接口使用户不受网页限制，对于分析大量数据、执行文本挖掘任务以及对调控网络中的数学模型进行临时或系统评估是理想的。此外，这些服务广泛存在且易于使用；不需要事先了解相关技术，只需要有基本的编程经验即可。接下来，我们希望介绍新的和更新的服务，并简要描述计划在2009 - 2010年期间推出的开发项目。
The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) has been providing access to mainstream databases and tools in bioinformatics since 1997. In addition to the traditional web form based interfaces, APIs exist for core data resources such as EMBL-Bank, Ensembl, UniProt, InterPro, PDB and ArrayExpress. These APIs are based on Web Services (SOAP/REST) interfaces that allow users to systematically access databases and analytical tools. From the user's point of view, these Web Services provide the same functionality as the browser-based forms. However, using the APIs frees the user from web page constraints and are ideal for the analysis of large batches of data, performing text-mining tasks and the casual or systematic evaluation of mathematical models in regulatory networks. Furthermore, these services are widespread and easy to use; require no prior knowledge of the technology and no more than basic experience in programming. In the following we wish to inform of new and updated services as well as briefly describe planned developments to be made available during the course of 2009–2010.
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