Manipulation of TAD reorganization by chemical-dependent genome linking.
Manipulation of TAD reorganization by chemical-dependent genome linking.
复制标题
通过化学依赖性基因组连接操纵 TAD 重组
DOI：
10.1016/j.xpro.2021.100799
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发表时间：
2021-09-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ding J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Ma Q;Fang P;Tian Q;Yu H;Sun J;Ding J
拓扑相关的结构域（TAD）的重组被认为是细胞命运转变的新机制。在这里，我们提出了一种通过脱甲酸（ABA）依赖性基因组联系来操纵TAD的方案。我们使用该方案合并两个相邻的TAD，并评估对细胞命运转变的影响。优点是，操作不会改变基因组，并且可以通过撤回ABA来逆转。主要的挑战是如何选择链接基因座进行有效的TAD重组。
有关此协议的使用和执行的完整详细信息，请参考。
人造链接是通过小分子化学在dcas9靶向基因座建立的
依赖化学依赖性基因组引起HI-C的TAD合并
每个关键步骤之后的质量控制可以改善HI-C结果
拓扑相关的结构域（TAD）的重组被认为是细胞命运转变的新机制。在这里，我们提出了一种通过脱甲酸（ABA）依赖性基因组联系来操纵TAD的方案。我们使用该方案合并两个相邻的TAD，并评估对细胞命运转变的影响。优点是，操作不会改变基因组，并且可以通过撤回ABA来逆转。主要的挑战是如何选择链接基因座进行有效的TAD重组。
Reorganization of topologically associated domain (TAD) is considered to be a novel mechanism for cell fate transitions. Here, we present a protocol to manipulate TAD via abscisic acid (ABA)-dependent genome linking. We use this protocol to merge two adjacent TADs and evaluate the influence on cell fate transitions. The advantages are that the manipulation does not change the genome and is reversible by withdrawing ABA. The major challenge is how to select linking loci for efficient TAD reorganization. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Artificial linking is established at dCas9-targeting loci by small molecule chemical Chemical-dependent genome linking induces TAD merging by Hi-C Quality control after each key step can improve Hi-C outcome Reorganization of topologically associated domain (TAD) is considered to be a novel mechanism for cell fate transitions. Here, we present a protocol to manipulate TAD via abscisic acid (ABA)-dependent genome linking. We use this protocol to merge two adjacent TADs and evaluate the influence on cell fate transitions. The advantages are that the manipulation does not change the genome and is reversible by withdrawing ABA. The major challenge is how to select linking loci for efficient TAD reorganization.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
48
作者：
Lareau, Caleb A.;Aryee, Martin J.
通讯作者：
Aryee, Martin J.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
16.6
作者：
Morgan SL;Mariano NC;Bermudez A;Arruda NL;Wu F;Luo Y;Shankar G;Jia L;Chen H;Hu JF;Hoffman AR;Huang CC;Pitteri SJ;Wang KC
通讯作者：
Wang KC
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.