MAGeCK enables robust identification of essential genes from genome-scale CRISPR/Cas9 knockout screens.
MAGeCK enables robust identification of essential genes from genome-scale CRISPR/Cas9 knockout screens.
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DOI：
10.1186/s13059-014-0554-4
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Liu XS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li W;Xu H;Xiao T;Cong L;Love MI;Zhang F;Irizarry RA;Liu JS;Brown M;Liu XS
我们提出了基于模型的全基因组 CRISPR/Cas9 敲除分析 (MAGeCK) 方法，用于在基因组规模 CRISPR/Cas9 敲除筛选中优先考虑单引导 RNA、基因和通路。与现有方法相比，MAGeCK 表现出更好的性能，同时识别正选和负选基因，并报告不同实验条件下的稳健结果。 MAGeCK 使用公共数据集确定了新的必需基因和通路，包括经维莫非尼处理的含有 BRAF 突变的 A375 细胞中的 EGFR。 MAGeCK 还在带有 BCR-ABL 融合的 KBM7 细胞中检测到细胞类型特异性必需基因，包括 BCR 和 ABL1，以及 HL-60 细胞中的 IGF1R，该基因依赖于胰岛素信号通路进行增殖。本文的在线版本 (doi:10.1186/s13059-014-0554-4) 包含补充材料，可供授权用户使用。
We propose the Model-based Analysis of Genome-wide CRISPR/Cas9 Knockout (MAGeCK) method for prioritizing single-guide RNAs, genes and pathways in genome-scale CRISPR/Cas9 knockout screens. MAGeCK demonstrates better performance compared with existing methods, identifies both positively and negatively selected genes simultaneously, and reports robust results across different experimental conditions. Using public datasets, MAGeCK identified novel essential genes and pathways, including EGFR in vemurafenib-treated A375 cells harboring a BRAF mutation. MAGeCK also detected cell type-specific essential genes, including BCR and ABL1, in KBM7 cells bearing a BCR-ABL fusion, and IGF1R in HL-60 cells, which depends on the insulin signaling pathway for proliferation. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0554-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
11.2
作者：
Wahner Hendrickson AE;Haluska P;Schneider PA;Loegering DA;Peterson KL;Attar R;Smith BD;Erlichman C;Gottardis M;Karp JE;Carboni JM;Kaufmann SH
通讯作者：
Kaufmann SH
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
28.2
作者：
Corcoran RB;Ebi H;Turke AB;Coffee EM;Nishino M;Cogdill AP;Brown RD;Della Pelle P;Dias-Santagata D;Hung KE;Flaherty KT;Piris A;Wargo JA;Settleman J;Mino-Kenudson M;Engelman JA
通讯作者：
Engelman JA