Genomic mining and diversity of assembly line polyketide synthases.
Genomic mining and diversity of assembly line polyketide synthases.
复制标题
作者：
装配线聚酮酶（PKSs）是一个多功能酶大家族，负责合成许多具有显著结构多样性和生物活性的药用相关天然产物。基因组测序成本的降低与antiSMASH等计算工具的发展相结合，为调查装配线PKS的巨大多样性提供了机会。挖掘国家生物技术信息中心数据库中的基因组数据，我们在这篇文章中提出的更新目录（https：//pkscatalog2022.stanford.edu/catalog）揭示了4083个物种中的8799个非冗余装配线聚酮合酶簇，在过去4年中增加了三倍。此外，95%的簇是“孤儿簇”，其天然产物既没有化学特征也没有生物特征。我们的分析表明，装配线PKS的多样性仍然大大不足的探索，也突出了一个基因组学驱动的方法来发现天然产品的承诺。
Assembly line polyketide synthases (PKSs) are a large family of multifunctional enzymes responsible for synthesizing many medicinally relevant natural products with remarkable structural variety and biological activity. The decrease in cost of genomic sequencing paired with development of computational tools like antiSMASH presents an opportunity to survey the vast diversity of assembly line PKS. Mining the genomic data in the National Center for Biotechnology Information database, our updated catalogue (https://orphanpkscatalog2022.stanford.edu/catalog) presented in this article revealed 8799 non-redundant assembly line polyketide synthase clusters across 4083 species, representing a threefold increase over the past 4 years. Additionally, 95% of the clusters are ‘orphan clusters' for which natural products are neither chemically nor biologically characterized. Our analysis indicates that the diversity of assembly line PKSs remains vastly under-explored and also highlights the promise of a genomics-driven approach to natural product discovery.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1007/978-1-4939-6634-9_2
发表时间：
2017-01-01
期刊：
ANTIBIOTICS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Adamek, Martina;Spohn, Marius;Ziemert, Nadine
通讯作者：
Ziemert, Nadine
SBSPKSV2：基于结构的聚酮合成酶和非核糖体肽合酶的序列分析。
影响因子：
14.9
作者：
Khater S;Gupta M;Agrawal P;Sain N;Prava J;Gupta P;Grover M;Kumar N;Mohanty D
通讯作者：
Mohanty D
影响因子：
3.3
作者：
Cruz-Morales P;Kopp JF;Martínez-Guerrero C;Yáñez-Guerra LA;Selem-Mojica N;Ramos-Aboites H;Feldmann J;Barona-Gómez F
通讯作者：
Barona-Gómez F
影响因子：
14.9
作者：
Ichikawa N;Sasagawa M;Yamamoto M;Komaki H;Yoshida Y;Yamazaki S;Fujita N
通讯作者：
Fujita N
DOI：
10.1126/science.abi8358
发表时间：
2021-11-05
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cogan DP;Zhang K;Li X;Li S;Pintilie GD;Roh SH;Craik CS;Chiu W;Khosla C
通讯作者：
Khosla C