Fast Linkage Analysis with MOD Scores Using Algebraic Calculation
Fast Linkage Analysis with MOD Scores Using Algebraic Calculation
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使用代数计算进行 MOD 分数的快速连锁分析
DOI：
10.1159/000369065
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
1.8
通讯作者：
Konstantin Strauch
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Markus Brugger;Konstantin Strauch
目的：由于复杂疾病的遗传模式通常是未知的，MOD 评分分析（其中参数 LOD 评分相对于性状模型参数最大化）可以成为遗传连锁分析的强大方法。由于疾病位点可能性的计算是 MOD 评分分析中最耗时的步骤，因此我们旨在优化这部分计算，以使用 GENEHUNTER-MODSCORE 软件包加速连锁分析。 方法：我们的新算法基于通过将继承向量折叠成类来最小化继承向量的有效数量。为此，每个遗传向量的疾病位点可能性贡献以其代数形式表示和存储为外显率和疾病等位基因频率乘积的符号和。使用模拟来评估我们新算法的加速。结果：与原始 GENEHUNTER-MODSCORE 版本相比，我们能够实现 1.94 到 11.52 的加速，对于较大的谱系，加速更高。计算 p 值时，加速范围为 1.69 至 10.36。结论：MOD 评分分析的计算时间（涉及对许多测试的性状模型参数集的评估和 p 值计算）迄今为止已经非常高。利用我们新的代数算法，这样的分析现在可以在合理的时间内进行。
Objective:As the mode of inheritance is often unknown for complex diseases, a MOD-score analysis, in which the parametric LOD score is maximized with respect to the trait-model parameters, can be a powerful approach in genetic linkage analysis. Because the calculation of the disease-locus likelihood is the most time-consuming step in a MOD-score analysis, we aimed to optimize this part of the calculation to speed up linkage analysis using the GENEHUNTER-MODSCORE software package.Methods:Our new algorithm is based on minimizing the effective number of inheritance vectors by collapsing them into classes. To this end, the disease-locus-likelihood contribution of each inheritance vector is represented and stored in its algebraic form as a symbolic sum of products of penetrances and disease-allele frequencies. Simulations were used to assess the speedup of our new algorithm.Results:We were able to achieve speedups ranging from 1.94 to 11.52 compared to the original GENEHUNTER-MODSCORE version, with higher speedups for larger pedigrees. When calculating p values, the speedup ranged from 1.69 to 10.36.Conclusion:Computation times for MOD-score analysis, involving the evaluation of many tested sets of trait-model parameters and p value calculation, have been prohibitively high so far. With our new algebraic algorithm, such an analysis is now feasible within a reasonable amount of time.
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通讯作者：
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DOI：
10.1038/ejhg.2012.46
发表时间：
2012-09
期刊：
European journal of human genetics : EJHG
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
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