Progress and challenges for chemical probing of RNA structure inside living cells.
Progress and challenges for chemical probing of RNA structure inside living cells.
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DOI：
10.1038/nchembio.1958
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发表时间：
2015-12
影响因子：
14.8
通讯作者：
Spitale, Robert C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kubota, Miles;Tran, Catherine;Spitale, Robert C.
正确的基因表达对每个细胞的生存都是至关重要的。RNA曾被认为是一种被动的遗传信息转运体，但最近在细胞的几乎所有途径中都扮演了关键角色。对其结构的完整描述对于理解RNA的功能至关重要。几十年来的研究一直集中在利用化学工具来询问rna的结构，最近的重点转移到在活细胞内进行实验。本文将详细介绍用于RNA结构探测的化学试剂的设计和应用。我们还概述了如何使用这些试剂来更深入地了解体内的RNA结构。本文综述了近年来化学探针与深度测序的结合。最后，我们概述了在充分表征活细胞内RNA结构方面仍然存在的一些障碍，以及化学生物学如何独特地解决这些挑战。
Proper gene expression is essential for the survival of every cell. Once thought to be a passive transporter of genetic information, RNA has recently emerged as a key player in nearly every pathway in the cell. A full description of its structure is critical to understanding RNA function. Decades of research have focused on utilizing chemical tools to interrogate the structures of RNAs, with recent focus shifting to performing experiments inside living cells. This Review will detail the design and utility of chemical reagents used in RNA structure probing. We also outline how these reagents have been used to gain a deeper understanding of RNA structure in vivo. We review the recent merger of chemical probing with deep sequencing. Finally, we outline some of the hurdles that remain in fully characterizing the structure of RNA inside living cells, and how chemical biology can uniquely tackle such challenges.
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DOI：
10.1126/science.1162327
发表时间：
2009-06-26
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Badis G;Berger MF;Philippakis AA;Talukder S;Gehrke AR;Jaeger SA;Chan ET;Metzler G;Vedenko A;Chen X;Kuznetsov H;Wang CF;Coburn D;Newburger DE;Morris Q;Hughes TR;Bulyk ML
通讯作者：
Bulyk ML
影响因子：
--
作者：
Adilakshmi T;Soper SF;Woodson SA
通讯作者：
Woodson SA
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
Houck-Loomis, Brian;Durney, Michael A.;Salguero, Carolina;Shankar, Neelaabh;Nagle, Julia M.;Goff, Stephen P.;D'Souza, Victoria M.
通讯作者：
D'Souza, Victoria M.
DOI：
10.1126/science.1225722
发表时间：
2012-10-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Frieda KL;Block SM
通讯作者：
Block SM