Composition and expression of conserved microRNA genes in diploid cotton (Gossypium) species.
Composition and expression of conserved microRNA genes in diploid cotton (Gossypium) species.
复制标题
DOI：
10.1093/gbe/evt196
复制
发表时间：
2013
影响因子：
3.3
通讯作者：
Wendel JF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong L;Kakrana A;Arikit S;Meyers BC;Wendel JF
MicroRNA在植物基因组中普遍存在，但在植物谱系中的丰度和保守性差异很大。为了深入了解microRNA家族的进化出生/死亡动力学，我们对两种密切相关的棉属物种的小RNA和5′端帕雷文库进行了测序。在这里，我们证明了33个具有相似拷贝数和平均进化速率的microRNA家族在两种同类棉花中是保守的。这些microRNA家族在其他陆地植物中的存在/不存在的分析揭示了它们的系统发育起源和谱系特异性损失/增益的深度。棉属中保守的microRNA家族在表达上表现出显著的种间不对称性，这可能与邻近转座因子的相对接近有关。microRNA靶基因与其控制microRNA的复杂相关表达模式表明，即使在单个植物属内，保守的microRNA家族也可能存在功能分歧。
MicroRNAs are ubiquitous in plant genomes but vary greatly in their abundance within and conservation among plant lineages. To gain insight into the evolutionary birth/death dynamics of microRNA families, we sequenced small RNA and 5′-end PARE libraries generated from two closely related species of Gossypium. Here, we demonstrate that 33 microRNA families, with similar copy numbers and average evolutionary rates, are conserved in the two congeneric cottons. Analysis of the presence/absence of these microRNA families in other land plants sheds light on their depth of phylogenetic origin and lineage-specific loss/gain. Conserved microRNA families in Gossypium exhibit a striking interspecific asymmetry in expression, potentially connected to relative proximity to neighboring transposable elements. A complex correlated expression pattern of microRNA target genes with their controlling microRNAs indicates that possible functional divergence of conserved microRNA families can also exist even within a single plant genus.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
影响因子：
5.8
作者：
Addo-Quaye, Charles;Miller, Webb;Axtell, Michael J.
通讯作者：
Axtell, Michael J.
影响因子：
4.4
作者：
Flagel LE;Wendel JF;Udall JA
通讯作者：
Udall JA
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM