A human cell atlas of fetal gene expression.
A human cell atlas of fetal gene expression.
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DOI：
10.1126/science.aba7721
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发表时间：
2020-11-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Shendure J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao J;O'Day DR;Pliner HA;Kingsley PD;Deng M;Daza RM;Zager MA;Aldinger KA;Blecher-Gonen R;Zhang F;Spielmann M;Palis J;Doherty D;Steemers FJ;Glass IA;Trapnell C;Shendure J
人类细胞类型特化背后的基因表达程序具有根本意义。我们生成了胎儿组织中基因表达和染色质可及性的人类细胞图谱。对于基因表达，我们将三级组合索引应用于代表15个器官的>110个样本，分析了约400万个单细胞。我们利用文献和其他图谱来识别和注释组织内和组织间的数百种细胞类型和亚型。我们的分析集中在广泛分布的细胞类型（如血液，内皮细胞，上皮细胞），胎儿红细胞生成的网站（令人惊讶的是，包括肾上腺）和与小鼠发育图谱（如血细胞的保守规范）的整合器官特异性专业化。这些数据构成了丰富的资源，用于探索在不同组织和细胞类型中的体内人类基因表达。我们报告了一个跨越15个器官的胎儿基因表达的人类细胞图谱。
The gene expression program underlying the specification of human cell types is of fundamental interest. We generated human cell atlases of gene expression and chromatin accessibility in fetal tissues. For gene expression, we applied three-level combinatorial indexing to >110 samples representing 15 organs, profiling ~4 million single cells. We leveraged the literature and other atlases to identify and annotate hundreds of cell types and subtypes, both within and across tissues. Our analyses focus on organ-specific specializations of broadly distributed cell types (e.g. blood, endothelial, epithelial), sites of fetal erythropoiesis (which surprisingly included the adrenal gland) and integration with mouse developmental atlases (e.g. conserved specification of blood cells). These data comprise a rich resource for the exploration of in vivo human gene expression in diverse tissues and cell types. We report a human cell atlas of fetal gene expression spanning 15 organs.
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影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
9.3
作者：
Baron M;Veres A;Wolock SL;Faust AL;Gaujoux R;Vetere A;Ryu JH;Wagner BK;Shen-Orr SS;Klein AM;Melton DA;Yanai I
通讯作者：
Yanai I
影响因子：
4.6
作者：
Behjati, Sam;Lindsay, Susan;Haniffa, Muzlifah
通讯作者：
Haniffa, Muzlifah
影响因子：
3.5
作者：
Beleggia, Filippo;Li, Yun;Wollnik, Bernd
通讯作者：
Wollnik, Bernd